Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 14 sierpnia oddalił skargę kasacyjną fiskusa w przedmiocie opodatkowania PIT kwot stypendiów wypłacanych z programów objętych Zintegrowanym Programem Operacyjnego Rozwoju.
Sprawa dotyczyła opodatkowania stypendiów wyrównujących szanse edukacyjne studentów województwa lubuskiego. W 2009 r. starosta lubuski realizujący program stypendialny wystąpił z wnioskiem o interpretację. Zdaniem starosty od części stypendium, która wypłacana była z budżetu państwa należało pobrać zaliczkę. Natomiast od części finansowanej bezpośrednio ze środków unijnych nie należało pobierać zaliczek na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 46a ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych .
Dyrektor Izby Skarbowej rozpoznający wniosek uznał stanowisko starosty za nieprawidłowe. Podkreślił przy tym, że zwolnienie z PIT ma zastosowanie gdy spełnione są łącznie dwa warunki: środki finansowe pochodzą od wskazanych w przepisach podmiotów zagranicznych oraz podatnik realizuje bezpośrednio cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Zatem postępowanie polegająca na pobieraniu zaliczek od części stypendiów finansowanych z budżetu państwa było nieprawidłowe.
Organ podatkowy zwrócił uwagę, że otrzymywane stypendia pochodziły ze środków pożyczonych z budżetu państwa na prefinansowanie realizowanego projektu.
Starosta zaskarżył powyższą decyzję. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wielkopolskim w wyroku z 28 września 2010 r. (I SA/Go 603/2010) potwierdził stanowisko skarżącego.
Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną od wyroku uznając tym samym za prawidłowe stanowisko jakie zajmował starosta.
Wyrok NSA z dnia 14 sierpnia 2012 r., II FSK 80/11
Ustawa z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst. jedn.: Dz. U. z 2012 r. poz. 361 z późn. zm.)