Nowelizacja jest wykonaniem wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 29 listopada 2006 r. (sygn. akt SK 51/06) Trybunał orzekł we wskazanym wyroku o zgodności art. 21 ust. 1 pkt 3 lit. g) ustawy z dnia 21 lipca 1991 roku o podatku dochodowym od osób fizycznych z art. 64 ust. 2 w związku z art. 32 ust. 1, art. 217 oraz art. 2 Konstytucji.

W sprawie, która była przedmiotem rozpoznania Trybunału Gabriel G. otrzymał od byłego pracodawcy odszkodowanie z tytułu wypadku przy pracy. Świadczenie zostało mu wypłacone na podstawie ugody, jaką zawarł z pracodawcą przed sądem okręgowym. Wypłacając je pracodawca potrącił zaliczkę na podatek dochodowy od osób fizycznych. Gabriel G. uznał, ze zaliczka została pobrana nienależnie i wystąpił z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Naczelnik urzędu skarbowego stwierdził nadpłatę po stronie skarżącego w wysokości 350 zł oraz odmówił stwierdzenia nadpłaty w tym podatku w wysokości 6.650 zł. Decyzję tę utrzymał dyrektor izby skarbowej uzasadniając ją tym, że odszkodowania wypłacane na podstawie ugód sądowych nie korzystają ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych. Wojewódzki sąd administracyjny, do którego Gabriel G. zaskarżył decyzję, uwzględnił zarzuty i uchylił decyzję dyrektora izby skarbowej. Skargę kasacyjną od tego wyroku złożył dyrektor izby skarbowej. Naczelny Sąd Administracyjny uchylił wyrok wojewódzkiego sądu administracyjnego oraz oddalił zażalenie skarżącego na decyzję izby skarbowej. NSA uzasadnił, że w sytuacji, gdy pracownik otrzyma odszkodowanie z tytułu wypadku przy pracy w wysokości określonej w ugodzie zawartej z pracodawcą w toku postępowania sądowego, to otrzymana kwota stanowi przychód w rozumieniu ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych i podlega opodatkowaniu na ogólnych zasadach. Zdaniem skarżącego Gabriela G., który wniósł skargę konstytucyjną do Trybunału Konstytucyjnego przyjęte przez ustawodawcę zróżnicowanie sytuacji prawnej obywatela na gruncie prawa podatkowego w zależności od tego, czy źródłem jego dochodu, w tym przypadku odszkodowania z tytułu wypadku przy pracy, jest orzeczenie sądowe czy ugoda sądowa jest niezgodne z konstytucją.

Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 21 ust. 1 pkt 3 lit. g ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych w zakresie, w jakim wyłącza zwolnienie podatkowe w stosunku do odszkodowań uzyskanych na podstawie ugody sądowej jest niezgodny z art. 2 i art. 32 ust. 1 Konstytucji.

Zdaniem Trybunału niezgodność wyłączenia z zasadą demokratycznego państwa prawnego w zakresie, w jakim obejmuje odszkodowania ustalone ugodą sądową polega na rażącej niespójności rozwiązań prawnych. W ocenie Trybunału niespójność ta prowadzi do nadużycia zaufania obywatela do państwa i stanowionego przez nie prawa. Ustawodawca z jednej strony zachęca do zakończenia postępowania ugodą, bez potrzeby wydawania orzeczenia przez sąd. Z drugiej zaś - kwestionowany przepis prawa podatkowego nakłada na osobę, która zaakceptowała ugodowe załatwienie sprawy, swego rodzaju sankcję finansową w postaci obowiązku zapłacenia podatku od uzyskanego odszkodowania. Taki efekt kwestionowanego przepisu niewątpliwie zaskakuje obywateli działających w zaufaniu do prawa i sądu, instytucji powołanej do sprawowania wymiaru sprawiedliwości – stwierdził Trybunał. Gdyby sądy, nakłaniając do ugody, informowały poszkodowanych o konsekwencjach podatkowych ugodowego zakończenia sprawy, liczba ugód znacząco by spadła – podsumował Trybunał Konstytucyjny.

Wskazana wyżej nowelizacja ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych została uchwalona w dniu 25 kwietnia 2008 r. (Dz.U. nr 97, poz. 623).