Podstawowym celem przygotowywanych zmian ma być wzmocnienie organizacyjne Służby Celnej dla skuteczniejszej walki z przestępczością i zapobiegania korupcji. Jak podkreślają projektodawcy kolejnym założeniem jest wprowadzenie ułatwień dla przedsiębiorców kontrolowanych przez Służbę Celną.
Przedsiębiorcy, którym został nadany status tzw. upoważnionego przedsiębiorcy (AEO) mają być objęci mniejszą liczbą kontroli. Założeniem jest, aby przedsiębiorcy byli wcześniej informowani o kontrolach, a także o ryzyku utraty statusu AEO lub pozwolenia na stosowanie procedury uproszczonej.
Kolejną ze zmian zaproponowanych w projekcie założeń ma być umożliwienie przeprowadzenia kontroli pojazdów przez funkcjonariuszy w nieoznakowanych autach. Projektodawcy zakładają, że taka zmiana przyczyni się do skuteczniejszego zwalczania przestępstw akcyzowych.
Projekt przewiduje również rozszerzenie tajemnicy celnej poprzez objęcie nią materiałów przetwarzanych i wytwarzanych przez organy Służby Celnej z zakresu analizy ryzyka na podstawie których prowadzone są później kontrole.