Pogląd stanowiący, że wynagrodzenia pracowników, którzy realizują program finansowany ze środków Unii Europejskiej korzysta ze zwolnienia od podatku dochodowego na mocy art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych jest uznawany przez sądy administracyjne za błędny. Przykładem może być wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 11 stycznia 2008 r., sygn. akt III SA/Wa 1429/07. W sprawie będącej przedmiotem rozpoznania sądu fundacja realizuje program finansowany ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego. Środki te rozdzielane są między innymi przez Polską Agencję Rozwoju Przedsiębiorczości na podstawie umowy między Agencją a beneficjentem środków. Na podstawie umowy Agencja zobowiązana jest do refundacji wydatków poniesionych przez fundację przy wykonywaniu zadań wynikających z finansowanego programu. Zadania wynikające z programu fundacja realizuje poprzez swoich pracowników. Następnie otrzymują oni wynagrodzenie od fundacji, które potem są jej refundowane przez Agencję.
Fundacja wystąpiła z wnioskiem o wydanie interpretacji podatkowej. Chciała wiedzieć, czy wynagrodzenia pracowników są zwolnione od podatku na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (teks. jedn. Dz.U. z 2000 r., nr 14, poz. 176 z późn. zm., dalej jako: u.p.d.o.f.). Jej zdaniem, wynagrodzenia pracowników realizujących program finansowany z funduszy strukturalnych refundowane ze środków unijnych powinny być zwolnione od podatku dochodowego od osób fizycznych.
Organy podatkowe uznały stanowisko fundacji za nieprawidłowe. Ich zdaniem, dochody otrzymywane ze środków bezzwrotnej pomocy z funduszy strukturalnych zwolnione są z opodatkowania tylko wtedy, gdy podatnik otrzymał powyższe kwoty bezpośrednio z takich funduszy bądź gdy zostały mu one przekazane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do ich rozdzielania. Dlatego też zwolnienie, o którym jest mowa w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. ma zastosowanie, w przypadku gdy środki pomocowe są przychodami bezpośredniego beneficjenta pomocy, a nie jego pracowników. W omawianej sprawie bezpośrednim wykonawcą zadań programu finansowanego z Europejskiego Funduszu Społecznego była fundacja – stwierdziły organy podatkowe.
Fundacja wniosła skargę na decyzję dyrektora izby skarbowej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie.
Sąd oddalił skargę fundacji. W uzasadnieniu wyroku sąd wskazał, że art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. przewiduje zwolnienie od opodatkowania tym podatkiem m.in. dochodów podatników bezpośrednio realizujących program finansowany z Funduszy Strukturalnych Unii Europejskiej.
Warunkiem uprawniającym podatnika do skorzystania z powyższego zwolnienia jest to, aby podatnik bezpośrednio realizował cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Sąd podkreślił, że zwolnienie nie ma zastosowania do wynagrodzenia osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu powierzył wykonanie określonych czynności związanych z realizacją programu.
Z uwagi na powyższe przychody otrzymane przez podatnika ze środków pomocowych z funduszy strukturalnych korzystają ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych, jeżeli podatnik otrzymał je bezpośrednio z takich funduszy lub gdy przekazanie tych kwot odbywa się za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do ich rozdzielania (w omawianej sprawie za pośrednictwem Agencji). Pracownicy, którzy jedynie wykonują zadania określone w programie finansowanym z funduszy strukturalnych, nie są bezpośrednim beneficjentem środków z bezzwrotnej pomocy. W konsekwencji – zdaniem sądu – w sprawie nie ma zastosowanie zwolnienie przewidziane w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f.
Reasumując stwierdzić należy, że artykuł 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych przewiduje zwolnienie między innymi dla podatników bezpośrednio realizujących program finansowany ze środków bezzwrotnej pomocy wypłacanych z funduszy strukturalnych Unii Europejskiej. Zwolnienie dotyczy jedynie tych podatników, którzy są bezpośrednimi beneficjentami pomocy bezzwrotnej. Pracownicy, którzy jedynie wykonują zadania określone w programie finansowanym z funduszy strukturalnych, nie są bezpośrednim beneficjentem środków z bezzwrotnej pomocy, nie dotyczy ich więc powyższe zwolnienie od podatku.
Podobne do wskazanego wyżej stanowisko wyraził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w innym wyroku, (sygn. akt III SA/Wa 1141/07). W sprawie tej sąd ten również stwierdził, że środki funduszy strukturalnych Unii Europejskiej nie stanowią podstawy do zastosowania zwolnienia wynagrodzenia podatnika z podatku dochodowego od osób fizycznych.
Fundacja wystąpiła z wnioskiem o wydanie interpretacji podatkowej. Chciała wiedzieć, czy wynagrodzenia pracowników są zwolnione od podatku na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (teks. jedn. Dz.U. z 2000 r., nr 14, poz. 176 z późn. zm., dalej jako: u.p.d.o.f.). Jej zdaniem, wynagrodzenia pracowników realizujących program finansowany z funduszy strukturalnych refundowane ze środków unijnych powinny być zwolnione od podatku dochodowego od osób fizycznych.
Organy podatkowe uznały stanowisko fundacji za nieprawidłowe. Ich zdaniem, dochody otrzymywane ze środków bezzwrotnej pomocy z funduszy strukturalnych zwolnione są z opodatkowania tylko wtedy, gdy podatnik otrzymał powyższe kwoty bezpośrednio z takich funduszy bądź gdy zostały mu one przekazane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do ich rozdzielania. Dlatego też zwolnienie, o którym jest mowa w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. ma zastosowanie, w przypadku gdy środki pomocowe są przychodami bezpośredniego beneficjenta pomocy, a nie jego pracowników. W omawianej sprawie bezpośrednim wykonawcą zadań programu finansowanego z Europejskiego Funduszu Społecznego była fundacja – stwierdziły organy podatkowe.
Fundacja wniosła skargę na decyzję dyrektora izby skarbowej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie.
Sąd oddalił skargę fundacji. W uzasadnieniu wyroku sąd wskazał, że art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. przewiduje zwolnienie od opodatkowania tym podatkiem m.in. dochodów podatników bezpośrednio realizujących program finansowany z Funduszy Strukturalnych Unii Europejskiej.
Warunkiem uprawniającym podatnika do skorzystania z powyższego zwolnienia jest to, aby podatnik bezpośrednio realizował cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Sąd podkreślił, że zwolnienie nie ma zastosowania do wynagrodzenia osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu powierzył wykonanie określonych czynności związanych z realizacją programu.
Z uwagi na powyższe przychody otrzymane przez podatnika ze środków pomocowych z funduszy strukturalnych korzystają ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych, jeżeli podatnik otrzymał je bezpośrednio z takich funduszy lub gdy przekazanie tych kwot odbywa się za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do ich rozdzielania (w omawianej sprawie za pośrednictwem Agencji). Pracownicy, którzy jedynie wykonują zadania określone w programie finansowanym z funduszy strukturalnych, nie są bezpośrednim beneficjentem środków z bezzwrotnej pomocy. W konsekwencji – zdaniem sądu – w sprawie nie ma zastosowanie zwolnienie przewidziane w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f.
Reasumując stwierdzić należy, że artykuł 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych przewiduje zwolnienie między innymi dla podatników bezpośrednio realizujących program finansowany ze środków bezzwrotnej pomocy wypłacanych z funduszy strukturalnych Unii Europejskiej. Zwolnienie dotyczy jedynie tych podatników, którzy są bezpośrednimi beneficjentami pomocy bezzwrotnej. Pracownicy, którzy jedynie wykonują zadania określone w programie finansowanym z funduszy strukturalnych, nie są bezpośrednim beneficjentem środków z bezzwrotnej pomocy, nie dotyczy ich więc powyższe zwolnienie od podatku.
Podobne do wskazanego wyżej stanowisko wyraził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w innym wyroku, (sygn. akt III SA/Wa 1141/07). W sprawie tej sąd ten również stwierdził, że środki funduszy strukturalnych Unii Europejskiej nie stanowią podstawy do zastosowania zwolnienia wynagrodzenia podatnika z podatku dochodowego od osób fizycznych.