Obowiązek obliczenia VAT z tytułu obrotu towarem czy usługą, pobranie tego podatku i odprowadzenie na rachunek budżetu państwa spoczywa na sprzedającym towar lub usługę. Art. 29 ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług określa, że obrót zmniejsza się o kwoty udokumentowanych, prawnie dopuszczalnych i obowiązkowych rabatów (bonifikat, opustów, uznanych reklamacji i skont) i o wartość zwróconych towarów, zwróconych kwot nienależnych w rozumieniu przepisów o cenach oraz zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, a także kwot wynikających z dokonanych korekt faktur. Natomiast kwestionowany przepis rozporządzenia Ministra Finansów stanowi, że w przypadku udzielenia rabatów już po wystawieniu faktury, podatnik udzielający rabatu wystawia fakturę korygującą, której potwierdzenie odbioru stanowi podstawę do obniżenia kwoty podatku należnego. Zdaniem Rzecznika Praw Obywatelskich, uzależnienie prawa do obniżenia kwoty podatku należnego od uzyskania potwierdzenia odbioru faktury korygującej przez nabywcę, stanowi przerzucenie na sprzedającego obowiązków z natury przypisanych organom podatkowym. Ponadto wiąże prawo podatnika do obniżenia kwoty podatku należnego z otrzymaniem przez niego potwierdzenia odbioru faktury korygującej. Tymczasem art. 29 ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług wiąże zmniejszenie obrotu z kwotą udokumentowanych, prawnie dopuszczalnych i obowiązkowych rabatów. Nie określa natomiast, iż rabaty te muszą być udokumentowane fakturą korygującą. Mogą one zatem zostać udokumentowane także w inny sposób, który będzie podlegał kontroli organów podatkowych w toku ewentualnego postępowania. W ocenie Rzecznika Praw Obywatelskich kwestionowany przepis rozporządzenia narusza uprawnienia podatnika i wykracza poza granice upoważnienia ustawowego, zawartego w ustawie o podatku od towarów i usług.
Zdaniem RPO, czekanie na potwierdzenie odbioru faktury opóźnia odliczenie podatku. Natomiast jeśli kontrahent nie dostarczy potwierdzenia, bo np. jest chory, zmienił adres albo nie odbiera korespondencji, sprzedawca w ogóle nie odliczy podatku. Jest to – w ocenie Rzecznika Praw Obywatelskich - sprzeczne z zasadą neutralności podatku VAT.
Hanna Majszczyk z Ministerstwa Finansów argumentowała jednak podczas rozprawy przed Trybunał Konstytucyjnym, że rozporządzenie pozwala kontrolować prawidłowość rozliczania podatku VAT. Ponadto sprzedawca udzielający rabatu jest zwykle w kontakcie z nabywcą, więc nie powinien mieć większych problemów z uzyskaniem potwierdzenia.
Po przeprowadzeniu rozprawy Trybunał Konstytucyjny podzielił argumenty podawane przez Rzecznika Praw Obywatelskich i orzekł, że § 16 ust. 4 zdanie drugie rozporządzenia Ministra Finansów z 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług w zakresie, w jakim uzależnia prawo do obniżenia obrotu w przypadku wystawienia faktury korygującej od posiadania potwierdzenia odbioru tej faktury jest niezgodny z art. 29 ust. 4 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług oraz z art. 92 ust. 1 i z art. 217 Konstytucji.
Powyższy przepis traci moc obowiązującą z upływem 12 miesięcy od dnia ogłoszenia wyroku w Dzienniku Ustaw.
Jak wspomniano wyżej, zaskarżony przepis rozporządzenia uzupełnia przepis ustawy o podatku od towarów i usług, określający podstawę opodatkowania tym podatkiem o dodatkowy element - wymóg posiadania przez podatnika-sprzedawcę potwierdzenia odbioru faktury korygującej przez podatnika-nabywcę. Przesuwa to w czasie możliwość odliczenia podatku, a w sytuacji niemożności uzyskania potwierdzenia - w ogóle wyłącza gwarantowane przez ustawę prawo do odliczenia – stwierdził Trybunał. I dodał, że wymóg posiadania potwierdzenia odbioru faktury korygującej przez podatnika-nabywcę w pewnych sytuacjach może uniemożliwić obniżenie przez podatnika-sprzedawcę podatku należnego ze względu na okoliczności od niego niezależne. Będzie tak w szczególności w przypadku zmiany adresu bądź siedziby przez podatnika-nabywcę, nieodbierania przez niego korespondencji, itp. Zaskarżony przepis wprowadzając dodatkowy warunek materialnoprawny, od którego zależy możliwość odliczenia podatku modyfikuje na niekorzyść podatnika podstawę opodatkowania ze względu na okoliczności, na które podatnik-sprzedawca nie ma wpływu. Przepis ten nie formułuje wyłącznie porządkowej powinności posiadania potwierdzenia odbioru faktury korygującej. Posiadanie potwierdzenia stanowi podstawę do odliczenia podatku. § 16 ust. 4 rozporządzenia, określa zatem jeden z istotnych elementów stanu podatkowego, co - zgodnie z Konstytucją - zastrzeżone jest dla materii ustawowej – podkreślił Trybunał.
Trybunał odroczył utratę mocy obowiązującej zakwestionowanego przepisu o rok, dając tym samym ustawodawcy czas na zmianę przepisów zgodnie z wymogami zawartymi w konstytucji. Trybunał zasugerował ustawodawcy wprowadzenie nowych regulacji do ustawy, a nie do aktu podstawowego, jakim jest rozporządzenie.
Warto też wiedzieć, że na przestrzeni ostatnich lat podatnicy często toczyli zacięte spory z organami podatkowymi w kwestii konieczności potwierdzenia odbioru faktury korygującej od kontrahenta w sytuacji zmniejszania obrotu w drodze np. w sytuacji udzielenia rabatu. Organy podatkowe często twardo stały na stanowisku, że takie potwierdzenie jest konieczne (np. decyzja w sprawie interpretacji prawa podatkowego Izby Skarbowej w Kielcach z dnia 4 grudnia 2006 r., sygn. PP1/443-155/06), czy też postanowienie w sprawie interpretacji prawa podatkowego Świętokrzyskiego Urzędu Skarbowego z dnia 25 września 2006 r., sygn. RO/443-57/06).
W obronie podatników zarzucających brak upoważnienia ustawowego wskazanego wyżej § 16 ust. 4 rozporządzenia wykonawczego z 2005 r. stawały wielokrotnie sądy administracyjne (na przykład wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 14 września 2007 r., sygn. akt III SA/Wa 1121/07, wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 5 lutego 2007 r., sygn. akt III SA/Wa 2297/06, czy też wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 26 lipca 2007 r., sygn. akt III SA/Wa 804/07).
We wskazanym wyżej wyroku z dnia 26 lipca 2007 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie sygn. akt III SA/Wa 804/07) zasygnalizował niekonstytucyjność omawianego przepisu i stwierdził wprost, że przepis § 16 ust. 4 wspomnianego rozporządzenia wykonawczego z 2005 r. jest niezgodny z Konstytucją RP w zakresie, w jakim uzależnia prawo do obniżenia obrotu w przypadku wystawienia faktury korygującej od posiadania potwierdzenia odbioru tej faktury. Sędziowie wydający ten wyrok stwierdzili, że co prawda niezgodność przepisów z konstytucją stwierdza Trybunał Konstytucyjny, ale każdy sędzia jest niezawisły i podlega jedynie konstytucji i ustawom, więc może nie brać przy orzekaniu pod uwagę przepisów, które uznaje za niekonstytucyjne.
Teraz Trybunał Konstytucyjny orzekł pod względem formalnym niezgodność omawianego przepisu rozporządzenia wykonawczego z 2005 r. z konstytucją.
Wyrok Trybunału Konstytucyjnego jest ostateczny (wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 11 grudnia 2007 r., sygn. akt U 6/06).