Trybunał Konstytucyjny orzeknie w sprawie zgodności przepisów nowelizacji ustawy o CIT w części, w jakiej pozbawiły podatników od 1 stycznia 2000 roku możliwości amortyzacji wartości niematerialnych i prawnych wprowadzonych do ewidencji przed 1 stycznia 1999 r. z zasadą ochrony praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku.
Z pytaniem prawnym wystąpił WSA w Krakowie. Sprawa dotyczy spółki akcyjnej do której w 1996 r. wniesione zostało tytułem aportu przez gminę prawo użytkowania na okres 20 lat udziału na nieruchomości zabudowanej. Aport ten został wprowadzony do ewidencji wartości niematerialnych i prawnych, zaczęto go amortyzować metodą liniową wg stawki 5 proc., a odpisy amortyzacyjne w całości zaliczane były do kosztów uzyskania przychodów. W 1998 r. zmieniła się wysokość udziału w nieruchomości, na której ustanowione zostało prawo użytkowania oraz wartość aportu. W konsekwencji spółka dla celów amortyzacji od tego momentu przyjęła nową wartość początkową prawa użytkowania wieczystego i zmieniła roczną stawkę amortyzacji z uwagi na 35-letni okres użytkowania.
Spółka, chcąc dowiedzieć się, czy nabyte przez nią prawo użytkowania jest wartością niematerialną i prawną w rozumieniu przepisów podatkowych oraz czy przyjęte zasady amortyzacji są prawidłowo stosowane, wystąpiła o interpretację podatkową. W jej ocenie, zmienione od 1 stycznia 1999 r. przepisy rozporządzenia ministra finansów w sprawie amortyzacji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, a także aktualizacji wyceny środków trwałych, nie miały wpływu na dalszą możliwość kontynuowania amortyzacji rozpoczętej w 1996 r. Zwłaszcza, że ograniczając od 1 stycznia 1999 r. katalog praw majątkowych zaliczanych do wartości niematerialnych i prawnych, a tym samym ograniczając amortyzację takich praw, minister przewidział przepisy przejściowe umożliwiające kontynuację amortyzacji wprowadzonych przed tą datą do ewidencji takich praw majątkowych jak prawo użytkowania na udziale w nieruchomości.
Innego zdania były jednak organy podatkowe, które uznały, że skoro obowiązuje od 1 stycznia 2000 r. nowy zamknięty katalog praw zaliczanych do wartości niematerialnych i prawnych, w którym nie wymieniono prawa użytkowania, a nowelizacja nie zawierała żadnych przepisów przejściowych umożliwiających kontynuowanie amortyzacji prawa użytkowania nabytego przed tą datą, to zastosowane przez spółkę zasady amortyzacji były nieprawidłowe.
Spółka zaskarżyła interpretację do wojewódzkiego sądu administracyjnego, a ten uznał, że obowiązuje stanowisko spółki zaprezentowane we wniosku o interpretację, bo organ podatkowy wydał i doręczył interpretację po upływie 3 miesięcy od otrzymania wniosku. NSA uchylił zaskarżone przez organ podatkowy orzeczenie w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania przez WSA w Krakowie, który postanowił zawiesić postępowanie sądowe do czasu wydania orzeczenia przez Trybunał Konstytucyjny.
Zdaniem sądu pytającego, pozbawienie możliwości kontynuowania amortyzacji prawa użytkowania nieruchomości rozpoczętej w 1996 r., której okres nie upłynął 1 stycznia 2000 r., jest sprzeczne z zasadami ochrony praw nabytych oraz ochrony interesów w toku. Podatnik pozbawiony został bowiem prawa osiągnięcia celu amortyzacji, czyli zaliczenia w koszty uzyskania przychodu całości wartości początkowej środka trwałego lub wartości niematerialnych i prawnych.