Na co szczególnie zwrócić uwagę przy tego typu raportowaniu wskazują: Przemysław Grzanka i Marcin Sidelnik w komentarzu opublikowanym w Vademecum Głównego Księgowego
Obowiązek comiesięcznego raportowania danych z ewidencji VAT w formie JPK od 1 lipca 2016 r. zasadniczo obejmuje osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, które: prowadzą księgi podatkowe przy użyciu programów komputerowych, zobowiązane są do prowadzenia ewidencji VAT, o której mowa w art. 109 ust. 3 ustawy VAT i nie mogą zostać uznane za mikro-, małego lub średniego przedsiębiorcę w rozumieniu ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Natomiast z literalnej wykładni przepisów tej ustawy nie wynikają żadne wyjątki, które wyłączałyby obowiązek raportowania danych w formie JPK przez jednostki sektora finansów publicznych, w tym gminy, powiaty, województwa, jednostki budżetowe państwowe i samorządowe, samorządowe zakłady budżetowe. W związku z tym można byłoby uznać, że przy ocenie obowiązków w zakresie JPK do tego rodzaju podmiotów zastosowanie znajdą zasady ogólne dotyczące podlegania obowiązkowi raportowania danych podatkowych w formie JPK.
Co więcej, przepisy zwalniające czasowo określone grupy podmiotów z obowiązków w zakresie JPK odwołują się wprost do definicji przedsiębiorcy zawartej w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej. Powyższa regulacja powinna powodować brak możliwości zastosowania tego zwolnienia wobec innych podmiotów nieposiadających zasadniczo statusu przedsiębiorcy na gruncie tej ustawy, czyli przykładowo jednostek samorządu terytorialnego.
Minister finansów uznał jednak, że przy wykładni omawianych przepisów dotyczących JPK konieczne jest uwzględnienie zasady proporcjonalności, dając temu wyraz w interpretacji ogólnej. W przedmiotowym dokumencie stwierdził, że „do podatników VAT obowiązanych do prowadzenia ewidencji, o której mowa w art. 109 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług, niemających statusu przedsiębiorcy w rozumieniu ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, należy odpowiednio zastosować okresy przejściowe, jakie przewidziane są w art. 6 ust. 2 ustawy nowelizującej z 13 maja 2016 r. dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców”.
Przy uwzględnieniu powyższego stanowiska ministra finansów podmioty sektora finansów publicznych, w tym jednostki samorządu terytorialnego, byłyby zobowiązane do raportowania JPK już od 1 lipca 2016 r., jeśli w ciągu każdego z dwóch poprzednich lat obrotowych spełniłyby co najmniej jeden z następujących warunków: zatrudnienie co najmniej 250 pracowników lub roczny obrót netto przekraczający równowartość w złotych 50 000 000 euro i całkowita suma aktywów bilansu rocznego wyższa od równowartości w złotych 43 000 000 euro.
Z perspektywy JST, ich zakładów budżetowych oraz jednostek budżetowych obowiązek ten w praktyce objąć miał od lipca 2016 r. niewielką ich część. Zgodnie bowiem z powszechną do niedawna praktyką podatnikami VAT były zasadniczo oddzielnie – JST, zakład budżetowy czy jednostka budżetowa. Każdy z takich podmiotów indywidualnie nie spełniał, w znakomitej większości przypadków, definicji dużego przedsiębiorcy w rozumieniu ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Obowiązki jednostek samorządu terytorialnego w zakresie comiesięcznego generowania JPK dotyczącego ewidencji VAT ulegają jednak istotnym zmianom, wziąwszy pod uwagę niedawne orzecznictwo oraz zmiany legislacyjne w zakresie rozliczeń VAT tego sektora, a w szczególności treść wyroku TSUE z 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14, dotyczącego jednostek budżetowych, uchwały NSA składu siedmiu sędziów z 26 października 2015 r., dotyczącej zakładów budżetowych (I FPS 4/15) i specustawy.
Wskutek implementacji tez wynikających z powyższych orzeczeń, a w szczególności brzmienia wprowadzonej specustawy, od 1 stycznia 2017 r. JST zasadniczo stanowi jednego podatnika VAT wraz ze swoimi jednostkami i zakładami budżetowymi. W rezultacie z początkiem roku 2017 większość JST stała się zobowiązana do wypełnienia nowego obowiązku – składania JPK_VAT dla danych połączonych urzędu obsługującego JST (np. urzędu miasta), jego zakładów budżetowych (np. zakład usług komunalnych) i jednostek budżetowych (np. ośrodek sportu i rekreacji).
W praktyce, mając na uwadze skalę działań realizowanych przez gminy i ich poszczególne jednostki, większość samorządów już od 1 stycznia 2017 r. stała się scentralizowanym podatnikiem VAT i została zobligowana do przesyłania comiesięcznie i bez wezwania, na dedykowaną bramkę, rejestrów VAT zgodnie ze strukturą JPK_VAT dla całości działań podejmowanych przez daną JST (w tym zakład budżetowy czy jednostkę budżetową działające w jej ramach).
Jednocześnie, dostrzegając prawdopodobne problemy w terminowym wypełnieniu obowiązku przez administrację publiczną w przypadku tych podatników, którzy po procesie centralizacji staliby się „dużymi przedsiębiorcami” zobligowanymi do raportowania JPK_VAT już od 1 lipca 2016 r., minister finansów rozporządzeniem w sprawie przedłużenia terminu przekazywania informacji, o której mowa w art. 82 § 1b Ordynacji podatkowej, opublikowanym notabene w terminie na złożenie pierwszego JPK_VAT za lipiec 2016 r., tj. 25 sierpnia 2016 r., zdecydował się na przedłużenie terminu do przekazywania informacji w formacie JPK dla wybranych podatników z sektora administracji publicznej oraz niektóre inne podmioty spoza tego sektora, wykonujące jednak przede wszystkim zadania o charakterze publicznym. Zgodnie z tym rozporządzeniem, termin na przekazywanie JPK_VAT od okresów przypadających od 1 lipca do 31 grudnia 2016 r., m.in. dla JST, uległ wydłużeniu do 31 stycznia 2017 r.
Doceniając podejście Ministra Finansów do skomplikowanej sytuacji podatkowej JST, warto zauważyć, że objęcie wszystkich podmiotów obowiązkiem przedkładania ksiąg w formie JPK wydaje się słuszne i w dłuższej perspektywie powinno prowadzić do zbudowania sprawnego mechanizmu kontroli rozliczeń wszystkich podatników VAT.
Jednakże ze względu na brak szczegółowych regulacji w zakresie JPK dotyczących bezpośrednio omawianych podmiotów oraz brak jasnych wytycznych Ministerstwa Finansów, jak należy przeliczać progi zatrudnienia i finansowe determinujące obowiązki dotyczące JPK w otoczeniu prawnym i faktycznym właściwym dla JST, liczba wątpliwości z tym związanych jest duża.
Więcej na temat raportowania JPK_VAT przez jednostki samorządu terytorialnegow komentarzu w komentarzu opublikowanym w Vademecum Głównego Księgowego
