Postępowanie kontrolne fiskusa wykazało u podatnika zaległości podatkowe za poszczególne miesiące w 2012 i 2013 r. Podatnik wystąpił zatem o zaliczenie nadpłat za pozostałe miesiące w tych latach na poczet zaległości. Następnie zawnioskował o wydanie zaświadczenia o niezaleganiu z tytułu podatków.
Organ podatkowy odmówił wydania takiego zaświadczenia. Fiskus wskazał, że nie ma możliwości wydania zaświadczenia, ponieważ nadal trwają postępowania o zaliczenie nadpłat na poczet zaległości. Ponadto organ zaznaczył, że termin załatwienia tej sprawy był już przedłużany trzykrotnie.
Podatnik zanegował prawidłowość tej decyzji. Jego zdaniem organ podatkowy ma obowiązek z urzędu zaliczyć kwotę zwrotu VAT na poczet bieżących zobowiązań oraz zaległości, jeżeli deklaracja podatnika wykazuje podatek do zwrotu. Dodatkowo podatnik podkreślił, że uzyskał w 2014 r. już zaświadczenie o niezaleganiu z tytułu podatków.
Wojewódzki Sąd Administracyjny (III SA/Gl 259/15) uznał, że rację ma organ podatkowy. WSA podkreślił fakt, że nie ma wątpliwości co do istnienia zaległości podatkowej i tym samym oczywistym i prawidłowym było wydanie decyzji odmawiającej stwierdzenia niezalegania z tytułu podatków.
4 stycznia br. Naczelny Sąd Administracyjny (I FSK 518/16) zaaprobował stanowisko fiskusa i WSA. Sąd drugiej instancji również podkreślił fakt istnienia zaległości podatkowej. NSA uznał, że samo wykazanie nadpłat w podatku nie uprawnia do ich zaliczenia na poczet zaległości podatkowej. Ewentualny fakt istnienia nadpłaty musi zostać zweryfikowany i zatwierdzony w postepowaniu przez organ podatkowy. Dopiero po tym można wnioskować o jej zaliczenie na poczet zaległości. Sąd podkreślił, że trzeba pamiętać, iż samo postępowanie o zaliczenie już zatwierdzonej nadpłaty też trwa jakiś czas i póki nie zostanie ostatecznie zakończone, to nie można wydać zaświadczenia o niezaleganiu z tytułu podatków. Końcowo NSA stwierdził, że wydanie zaświadczenia w 2014 r. było wynikiem błędu i nie ma podstaw do jego powielania i nie należy tego oczekiwać od organów.
