Zgodnie z zasadą demokratycznego państwa prawnego przepisy prawa podatkowego powinny być proste i zrozumiałe dla wszystkich podatników, organów podatkowych i sądów. Ordynacja podatkowa jako akt prawny normujący część ogólną prawa podatkowego powinna precyzyjnie określać stosunki pomiędzy podatnikiem a organem podatkowym oraz zawierać wyczerpujący katalog praw i obowiązków podatnika. Niezmiernie ważna dla funkcjonalności Ordynacji podatkowej jest precyzja poszczególnych przepisów. Pozwala ona uniknąć częstych nowelizacji, powodujących, że pierwotnie logiczny i zrozumiały akt staje się ostatecznie chaotyczny i niezrozumiały.
- Taką sytuację obserwujemy obecnie, gdyż obowiązująca Ordynacja zdezaktualizowała się, a kolejne nowelizacje znaczenie pogorszyły jakość przepisów. Przystępując do tworzenia nowej, zasadne jest powołanie zespołu ekspertów, również spoza ministerstwa Finansów, którzy na bazie doświadczeń ostatnich dwudziestu lat stworzą akt prawny odpowiadający dzisiejszym realiom i standardom gospodarczym - mówi Przemysław Pruszyński, ekspert Konfederacji Lewiatan.
Zdaniem Lewiatana zmiany dotyczyć powinny, m. in. odejścia od zasady nadrzędności organu podatkowego w stosunku do podatnika i nakazu rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika (in dubio pro tributario), gdyż w praktyce organów obowiązuje zasada nieufności do podatnika (in dubio pro fisco). Niejasności lub wątpliwości co do stanu faktycznego, powinny być tłumaczone na korzyść podmiotu, którego rozstrzygnięcie dotyczy. Obecnie, w praktyce organów podatkowych trudno dostrzec przykłady przestrzegania wskazanej zasady. Analizę pod tym kątem podejmują dopiero sądy na etapie postępowania sądowo - administracyjnego.
Zmiany wymaga również dualizm w zakresie kontroli i orzekania o zobowiązaniach podatkowych, który m.in. poprzez zróżnicowanie praktyki orzeczniczej urzędów skarbowych i urzędów kontroli skarbowej wprowadza niepewność obrotu, a poprzez dublowanie kontroli podnosi koszty funkcjonowania przedsiębiorstw. Zasadne jest rozważenie pozostawienia jednej administracji podatkowej uprawnionej do orzekania i kontroli w zakresie podatków. Obecny system, w którym urzędy skarbowe prowadzą kontrole na obszarze swojej właściwości jest wysoce nieefektywny, a przy tym generuje znaczne koszty funkcjonowania administracji podatkowej. - Zasadna wydaje się zmiana zakresu kompetencji małych urzędów z organów wymiaru podatku w kierunku „biur obsługi podatników". Natomiast organy kontroli powinny przy tym zostać wyposażone w środki i narzędzia pozwalające na skuteczną walkę z przestępczością gospodarczą zorientowaną na przestępstwa podatkowe - dodaje Przemysław Pruszyński.
Bezzwłocznego uregulowania wymaga kwestia faktycznych terminów przedawnienia zobowiązań podatkowych. Obecna zasada, zgodnie z którą zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od dnia końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy jest zasadą fikcyjną.
Duże znaczenie dla poprawy funkcjonowania przedsiębiorców i systemu podatkowego miałoby uregulowanie i jasne określenie zakresu, czasu trwania i uprawnień organów prowadzących czynności sprawdzające, kontrole oraz postępowania podatkowe. Obecne przepisy pozwalają na nieprzerwane kontrolowanie podatników, dzięki szerokiemu zakresowi czynności sprawdzających oraz uprawnieniu do weryfikacji dokumentów źródłowych w trakcie postępowania podatkowego. Możliwość przedłużania w „nieskończoność" postępowań podatkowych powoduje, że w praktyce nie funkcjonują przepisy ustawy o swobodzie działalności gospodarczej normujące długość czasu trwania kontroli.
Nowa ordynacja podatkowa jest potrzebna, tak samo jak nowe spojrzenie administracji podatkowej na podatnika. Tworząc założenia na potrzeby „kodeksu praw podatnika" niezwykle ważne jest zbudowanie ich ram na zasadzie zaufania obywatela do państwa, jak i państwa do obywatela. Jasne określenie praw i obowiązków powinno być jednocześnie uzupełnione o zasadę poszanowania interesów podatnika.