Formalnie i wyraźnie ustawodawca nie uzależnił zakończenia postępowania kontrolnego od konieczności ukończenia czynności sprawdzających. W każdym przypadku należy oceniać sytuację z punktu widzenia celowości, i zasad wyrażonych w Ordynacji podatkowej. Postępowanie organu zaprezentowane w zapytaniu będzie uzasadnione i celowe, jeśli czas oczekiwania na efekt czynności sprawdzających znacząco przedłużyłby czas trwania kontroli, a przyczyny takiego stanu rzeczy mają charakter obiektywny i nie są wynikiem opieszałości działania organów.
Zgodnie z art. 274c § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r.- Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 z późn. zm.) - dalej u.o.p, organ podatkowy, w związku z prowadzonym postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową, może zażądać od kontrahentów podatnika wykonujących działalność gospodarczą przedstawienia dokumentów, w zakresie objętym kontrolą u podatnika, w celu sprawdzenia ich prawidłowości i rzetelności. Z czynności tych sporządza się protokół.
Literalne brzmienie powyższego przepisu prowadzi do konkluzji, iż czynności takie (czynności sprawdzające zwane również tzw. kontrolą krzyżową) u kontrahenta podatnika, co do zasady mogą być przeprowadzane w związku z prowadzonym postępowaniem podatkowym lub kontrola podatkową podatnika. Mając na uwadze fakt, że czynności sprawdzające mają dostarczyć informacji o rzetelności o prawidłowości dokumentacji podatnika, u którego trwa kontrola, wydaje się oczywistym, iż celowe jest zakończenie tychże czynności w czasie (w ramach) prowadzonej kontroli. W praktyce przyjmuje się również, iż w takiej sytuacji nie jest koniecznym zawieranie wyników z tychże czynności w odrębnym protokole, gdyż wnioski te stanowią załącznik do protokołu kontroli. Obecnie, w doktrynie umacnia się stanowisko, iż przeprowadzenie powyższych czynności może być dokonywane wyłącznie w związku z kontrolą i za niedopuszczalne należy uznać przeprowadzenie tychże czynności po zakończeniu takiego postępowania kontrolnego a w przypadku wystąpienia takiego stanu - protokół z takich czynności należałoby uznać za niezgodny z prawem. Za takim stanowiskiem przemawiają dwie fundamentalne zasady postępowania podatkowego, a to zasada wyrażona w art. 121 § 1 u.o.p., mówiąca że postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, oraz zasada zawarta w art. 122 u.o.p., zgodnie z którą w toku postępowania organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym. Nie jest działaniem budzącym zaufanie do organów podatkowych sytuacja, w której sporządza się protokół pokontrolny bez uwzględnienia informacji, które dopiero mają nadejść, o ile rzecz jasna czas oczekiwania na nie mieści się w rozsądnych granicach. Z drugiej jednak strony, w piśmie Ministerstwa Finansów - Dyrektora Departamentu Systemu Podatkowego z dnia 12 lipca 2005 r., SP1/768/033-235/1584/04/AA, Biuletyn Skarbowy nr 4 z 2005 r., s. 14, dokonano wykładni art. 274c, zgodnie z którą czynności sprawdzające nie stanowią czynności kontroli podatkowej, a zatem okres oczekiwania na protokół z czynności sprawdzających nie jest wliczany do czasu trwania kontroli, ani też nie wymaga zawieszenia kontroli podatkowej. Natomiast dokumenty zgromadzone w ramach czynności sprawdzających mogą stanowić odpowiednio załącznik do protokołu lub jeden z dowodów w postępowaniu podatkowym, odrębny od dowodów zgromadzonych w toku kontroli podatkowej, w zależności do tego czy czynności te zostaną przeprowadzone przed lub po zakończeniu kontroli podatkowej. W związku z powyższym stwierdzić należy, iż formalnie i wyraźnie ustawodawca nie uzależnił zakończenia postępowania kontrolnego od konieczności ukończenia czynności sprawdzających. W każdym przypadku należy oceniać sytuację z punktu widzenia celowości, i zasad wyrażonych w art. 121 § 1 i 122 u.o.p. Postępowanie organu zaprezentowane w zapytaniu będzie uzasadnione i celowe, jeśli czas oczekiwania na efekt czynności sprawdzających, z przyczyn obiektywnych znacząco przedłużyłby czas trwania kontroli. Istotnym jest więc jak organ prowadzący kontrolę dba o spójność i efektywność swoich działań - w szczególności czy aktywnie stara się o uzyskanie rezultatów z kontroli krzyżowej w rozsądnym terminie, czy zasięga informacji o przyczynach, dla których informacje te jeszcze nie nadeszły, czy wysyła zapytanie do organu prowadzącego czynności sprawdzające.