Najważniejszym założeniem projektu ustawy jest zdaniem resortu finansów uszczelnienie systemu podatkowego. Pracodawcy RP uważają jednak, że w obecnie funkcjonującym systemie prawno-podatkowym sama przebudowa administracji skarbowej nie przyniesie zakładanych skutków i powinna być realizowana wraz z głęboką reformą prawa proceduralnego.
Nowa ustawa nie rozwiąże problemów struktury organizacyjnej urzędów skarbowych, celnych, kontroli skarbowej oraz izb skarbowych i celnych. W związku z tym Ministerstwo Finansów powinno skoncentrować się na dostosowaniu przepisów Ordynacji podatkowej, które oddziałują na organizację organów podatkowych i skarbowych. W przeciwnym wypadku zreformowana administracja będzie stosowała te same wadliwe przepisy proceduralne co obecna.
Jak zauważają Pracodawcy RPZ, nie będzie mowy o jakiejkolwiek nowej jakości i pozytywnej zmianie dla podatników, a może pojawić się ryzyko, że reforma administracji w planowanym kształcie spowoduje dla nich dodatkowy chaos i szkodliwe skutki dla podatników. Dlatego też prace nad reformą administracji należy zacząć realizować systemowo.