Jak czytamy w komentarzu praktycznym Pawła Ziółkowskiego opublikowanym w Vademecum Głównego Księgowego, zakup od przedsiębiorcy jest niewątpliwie prostszy – wystarczy zapłacić cenę zakupu i zaksięgować fakturę – jedyne problemy mogą być związane z limitowanym odliczeniem VAT oraz naliczaniem amortyzacji. W przypadku zakupu od innego podmiotu (zakupu „na umowę"), nabywcy auta dochodzi jeszcze obowiązek rozliczenia podatku od czynności cywilnoprawnych. W odróżnieniu od podatku VAT opłacanego przez sprzedawcę, podatek od czynności cywilnoprawnych obciąża nabywcę.
Obowiązek podatkowy powstaje z chwilą zakupu auta (podpisania umowy sprzedaży) i ciąży na nabywcy. Oprócz zapłaty podatku na nabywcy ciąży także obowiązek złożenia deklaracji PCC-3 – na jego wypełnienie ma on 14 dni od dnia powstania obowiązku podatkowego, chyba że umowa byłaby sporządzona przez notariusza, co w przypadku aut jest jednak mało prawdopodobne.Podatek ten należy naliczyć od wartości rynkowej auta według stawki 2 proc. Generalnie przyjmuje się, że wartością rynkową jest wartość określona w umowie. Jeżeli jednak podatnik nie określił wartości przedmiotu czynności cywilnoprawnej lub wartość określona przez niego nie odpowiada, według oceny organu podatkowego, wartości rynkowej, organ ten wezwie podatnika do jej określenia, podwyższenia lub obniżenia, w terminie nie krótszym niż 14 dni od dnia doręczenia wezwania, podając jednocześnie wartość według własnej, wstępnej oceny. Z możliwości tej organy podatkowe dość skwapliwie korzystają w przypadku, gdy strony zaniżą wartość rynkową, a tym samym zaniżą podstawę opodatkowania.
Jeżeli podatnik, pomimo wezwania organu podatkowego, nie określił wartości lub podał wartość nieodpowiadającą wartości rynkowej, organ podatkowy dokona jej określenia z uwzględnieniem opinii biegłego lub przedłożonej przez podatnika wyceny rzeczoznawcy. Jeżeli organ podatkowy powoła biegłego, a wartość określona z uwzględnieniem jego opinii różni się o więcej niż 33 proc. od wartości podanej przez podatnika, koszty opinii ponosi podatnik. Jest to w gruncie rzeczy jedyna negatywna konsekwencja niezastosowania się do wezwania organu podatkowego.
Warto przy tym zauważyć, że organ podatkowy może ingerować w cenę praktycznie tylko w przypadku zakupu „na umowę". W przypadku zakupu „na fakturę" nie składa się deklaracji podatkowej dotyczącej tej konkretnej sprzedaży, wobec czego prawdopodobieństwo podważenia ceny jest znikome.
Podatkowi od czynności cywilnoprawnych nie podlega zakup auta za granicą, chyba że nabywcą jest podmiot polski, a umowa została zawarta w Polsce. W niektórych przypadkach można także skorzystać ze zwolnienia od podatku. Zwolnienia te mogą mieć charakter podmiotowy - podatku nie płacą np. placówki dyplomatyczne i jednostki samorządu terytorialnego. Ze zwolnień przedmiotowych na uwagę zasługuje wyłączenie spod podatku sprzedaży rzeczy ruchomych, jeżeli podstawa opodatkowania nie przekracza 1000 zł. Kupując auto firmowe raczej jednak wydaje się więcej pieniędzy, więc z możliwości tej korzystać się będzie sporadycznie.
W innych przypadkach zakupu „na umowę" trzeba będzie zapłacić podatek od czynności cywilnoprawnych i to niezależnie od celu zakupu pojazdu – obowiązek ten dotyczy zarówno towaru handlowego, jak i środka trwałego.
Obowiązek złożenia deklaracji PCC-3 oraz zapłaty podatku wynika wprost z przepisów ustawy. Niedopełnienie tych obowiązków stanowi przestępstwo karne skarbowe zagrożone karą grzywny do 720 stawek dziennych (ponad 16.000.000 zł). Zazwyczaj kary są dużo niższe. Zobowiązanie podatkowe z tytułu podatku od czynności cywilnoprawnych przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Jeżeli zatem podatnik kupił auto w maju 2015 r. i nie zapłacił z tego tytułu PCC, nie będzie musiał już tego robić, jeżeli sprawa się nie wyda do końca roku 2020.
Fragment komentarza Pawła Ziółkowskiego "Zakup firmowego samochodu na gruncie PCC" opublikowanego w Vademecum Głównego Księgowego