W przedmiotowej sprawie podatniczka prowadząca przedszkole niepubliczne otrzymuje z gminy dotację podmiotową przyznaną na prowadzenie placówki. Dotacja ma charakter podmiotowy i jest zwolniona z PIT. Przedszkole utrzymuje się zatem z dwóch źródeł przychodów: zwolnionych z opodatkowania (dotacja) i podlegających opodatkowaniu (wpłaty rodziców). Według podatniczki, ponieważ nie ma jednoznacznej metody pozwalającej na podział kosztów, które pokryte są bezpośrednio z dotacji otrzymanej z budżetu gminy, a które pokryte są z wpłat rodziców, to w tej sytuacji należy stosować proporcję określoną w art. 22 ust. 3 i 3a ustawy o PIT.
Organ stwierdził jednak, że w opisanej sytuacji podatniczka ponosi wydatki, które na podstawie przepisów ustawy o PIT nie stanowią kosztów uzyskania przychodów, ponieważ zostały pokryte otrzymaną dotacją zwolnioną od opodatkowania. A skoro zgodnie z art. 23 ust. 1 pkt 56 ustawy PIT wydatek sfinansowany z dotacji jest wyłączony z kosztów podatkowych, to nie może być jednocześnie uwzględniony w tych kosztach w proporcji, o której mowa w art. 22 ust. 3 i 3a tej ustawy.
Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Sąd podzieli stanowisko fiskusa i uznał, że ustawowe wyłączenie określonych wydatków z kosztów podatkowych powoduje, że nie znajdują zastosowania przepisy dotycząc proporcji (art. 22 ust. 3 i 3a ustawy o PIT). Przepisy te odnoszą się do sytuacji, gdy podatnik ponosi wydatki, które co do zasady mogłyby być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów, ale służą uzyskaniu przychodów ze źródeł, z których dochód nie podlega opodatkowaniu. Zdaniem sądu wydatki sfinansowane z dotacji zwolnionej od opodatkowania należy wyeliminować z kosztów uzyskania przychodów w całości. O tym, że dane wydatki nie stanowią kosztów uzyskania przychodów decyduje fakt, że zostały one pokryte otrzymaną dotacją zwolnioną od opodatkowania. Nie ma w tym przypadku znaczenia, że podatnik uzyskuje dochody opodatkowane i wolne od podatku.
Reasumując, skoro dotacja stanowi przychód z działalności gospodarczej zwolniony z opodatkowania na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 129 ustawy o PIT, to stosownie do art. 23 ust. 1 pkt 56 tej ustawy nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków i kosztów bezpośrednio sfinansowanych z dotacji, a wobec ich wyłączenia z kosztów uzyskania przychodów nie mogą być one jednocześnie uwzględniane w kosztach uzyskania przychodów poprzez zastosowanie proporcji, o której mowa w art. 22 ust. 3 i 3a ww. ustawy.
Wyrok NSA z 10 maja 2013 r., sygn. akt II FSK 1848/11