Taki obowiązek wynika wprost z przepisu art. 52 § 3 ppsa, który stanowi, że jeżeli ustawa nie przewiduje środków zaskarżenia w sprawie będącej przedmiotem skargi, skargę na akty lub czynności, o których mowa w art. 3 §2 pkt 4a, można wnieść po uprzednim wezwaniu na piśmie właściwego organu w terminie czternastu dni od dnia, w którym skarżący dowiedział się lub mógł się dowiedzieć o wydaniu aktu lub podjęciu innej czynności- do usunięcia naruszenia prawa.

Wezwanie do usunięcia naruszenia prawa zgodnie z wyrokiem WSA w Warszawie z dnia 30.4.2009r., sygn. III SA/Wa 2022/08, LEX, należy rozumieć jako wyraz jednoznacznego niezadowolenia uprawnionego podmiotu z treści danego aktu i jednocześnie bezpośrednią zapowiedź jego zaskarżenia do sądu administracyjnego. Jeżeli takie wezwanie nie zostanie dokonane przez zainteresowanego, albo jeżeli co prawda wniesione zostanie, ale z uwagi na uchybienie terminowi będzie ono nieskuteczne, wniesiona skarga będzie podlegała odrzuceniu zgodnie z treścią przepisu artykułu 58 §1 pkt 6 i §3 ppsa (tak wspomniana już H. Filipczyk, op. cit., str. 93 oraz wyrok WSA z dnia 15.05.2009 r., III SA/Wa 688/09, LEX).

Warto podkreślić, że ustawodawca nie wprowadził żadnych wymogów dotyczących formy czy treści wezwania. Racjonalne jest jednak by takie „wezwanie” wskazywało w jakim zakresie podatnik z interpretacją się nie zgadza i wskazanie jakie jest prawidłowe wg zainteresowanego rozwiązanie, gdyż jest ono swoistym wyrażeniem przez wnioskodawcę swojej dezaprobaty dla interpretacji prawa podatkowego dokonanej przez właściwy organ. Choć jak pokazuje praktyka nazwa nagłówkowa może być dowolna. Zgodnie bowiem z łacińską maksymą falsa demonstratio non nocet i nazwanie wezwania zażaleniem nie może rodzić negatywnych skutków dla podatnika; więcej: K. Gil, Kilka uwag na temat zaskarżania interpretacji indywidualnych w świetle wyroku NSA z dnia 26.4.2010 r., II FSK 570/10, MoPod, 9/2010, str. 25 i następne.

W ciągu czternastu dni od dnia doręczenia organowi wezwania do usunięcia naruszenia prawa powinna zostać wydana odpowiedź na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa, które jest z kolei jedynie informacją dla podatnika o stanowisku organu w odniesieniu do złożonego wezwania. Odpowiedzi ta nigdy nie jest interpretacją. Odpowiedź, nawet jeżeli jest odmienna w swojej treści od interpretacji, zmianą takiej interpretacji nie jest. Należy bowiem zauważyć, że skarży się w dalszym ciągu wyłącznie indywidualną interpretację a nie odpowiedź organu na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa.

Może się zdarzyć jednak i tak, że w wyznaczonym do tego czasie organ nie ustosunkuje się do żądania zainteresowanego i nie wyda odpowiedzi na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa. Wówczas termin na wniesienie skargi według art. 53 §2 (in fine ) ppsa, wynosi 60 dni od dnia wniesienia wezwania. Jednakże zgodnie z postanowieniami: NSA z dnia: 23.3.2010 r., II FSK 216/10, LEX; 29.10.2008 r., II OSK 1592/08, LEX; oraz postanowieniem WSA z dnia 3.10.2008 r., II SA/Rz 482/08, LEX, termin 60 dni rozpoczyna się w dniu następnym pod dniu doręczenia wezwania organowi, a nie po dniu jego nadania przez wnioskodawcę, za: H. Filipczyk, Interpretacje…, op. cit., str. 93. Zgodnie z treścią powołanego artykułu niedokonanie przez organ odpowiedzi zainteresowanemu w żaden sposób nie blokuje możliwości wniesienia skargi do sądu, ale z drugiej strony tylko bezskuteczny upływ terminu na wydanie odpowiedzi uprawnia do złożenia skargi na indywidualną interpretację.

Skargę do WSA wnosi się za pośrednictwem organu, który wydał interpretację. Otrzymując taką skargę organ (odpowiednio, jeden z czterech Dyrektor Izby Skarbowej) może albo podtrzymać swoje stanowisko i przekazać skargę do rozpoznania właściwemu sądowi administracyjnemu, albo uwzględniając skargę może w całości zmienić wydaną interpretację w trybie autokontroli na podstawie art. 54 § 3 ppsa, który stanowi, że organ, którego działanie lub bezczynność zaskarżono, może w zakresie swojej właściwości uwzględnić skargę w całości do dnia rozpoczęcia rozprawy. Z tym poglądem nie zgadza się jednak sędzia J. Brolik w swojej książce (J. Brolik, Urzędowe interpretacje prawa podatkowego, Warszawa 2010), twierdząc, że organ nie ma wystarczających kompetencji do dokonania zmiany indywidualnej interpretacji w trybie autokontroli. Jest to stanowisko przeciwstawne w stosunku do zaproponowanego w zasadniczej części tej pracy.

Od procedury autokontroli należy odróżnić uprawnienie ministra finansów do zmiany z urzędu wydanej interpretacji indywidualnej.
Sądem właściwym do rozpoznania skargi na indywidualna interpretacje przepisów prawa podatkowego jest sąd administracyjny, na którego obszarze właściwości strona skarżąca ma siedzibę lub zamieszkuje- tak zgodnie z § 1 pkt 1 rozporządzenia Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z 28.08.2008 r. w sprawie przekazania rozpoznawania innym wojewódzkim sądom administracyjnym niektórych spraw z zakresu działania ministra właściwego do spraw finansów publicznych, Prezesa Zakładu Ubezpieczeń Społecznych oraz Prezesa Kasy Rolniczego Ubezpieczenia społecznego (Dz.U. Nr 163, poz. 1016 ).

Gdyby rozporządzenie to nie zostało wydane jedynym właściwym sądem byłby WSA w Warszawie a to mogłoby prowadzić do nadmiernego obciążenia tego sądu. Jeżeli zainteresowany podmiot nie ma siedziby lub zamieszkuje za granicą wówczas, na podstawie przepisów ogólnych ppsa, właściwym jest WSA w Warszawie. Tożsame zasady będą stosowane w odniesieniu do indywidualnych interpretacji wydawanych przez organy samorządowe ( H. Filipczyk, Indywidualne…op. cit., str. 99).

Wpis od skargi składanej do wojewódzkich sądów administracyjnych wynosi 200 zł, a od skargi kasacyjnej do NSA 100 zł. Jest to tzw. wpis stały bo interpretacja indywidualna nie dotyczy należności pieniężnych i co za tym idzie nie można określić wartości przedmiotu zaskarżenia. Są to kwoty stosunkowo niskie biorąc pod uwagę korzyści jakie mogą wyniknąć dla podatnika ze zmiany wadliwie wydanej przez organ interpretacji.