W przedmiotowej sprawie Dyrektor UKS-u dokonał rozliczenia podatku VAT za określone okresy rozliczeniowe w sposób odmienny aniżeli uczynił to przedsiębiorca w złożonych deklaracjach. Podstawą takich rozstrzygnięć było m.in. uznanie, że przedsiębiorca w sposób nieuprawniony odliczył podatek naliczony z faktur VAT wystawionych przez swoich kontrahentów, a także zawyżył wartość wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów, w sytuacji, gdy czynności ujęte w tych fakturach oraz mające stanowić dostawę towarów faktycznie nie miały miejsca. Jednocześnie fiskus stwierdził, że podatnik przy przyjęciu całkowitej fikcyjności operacji gospodarczych we wskazanym zakresie nie dochował należytej staranności w odniesieniu do tak wykazanych transakcji, albowiem: - zaufał swojemu kontrahentowi. Przedsiębiorca tłumaczył się brakiem świadomości co do oszukańczego procederu.
WSA w Gliwicach, który najpierw rozpatrywał sprawę, przyjął, że jej rozstrzygnięcie zależało od ustalenia, czy przedsiębiorca miał świadomość fikcyjnego charakteru transakcji udokumentowanych zakwestionowanymi fakturami lub czy dochował należytej staranności kupieckiej przy sprawdzaniu kontrahentów, których te transakcje dotyczyły. I tu Sąd I instancji nie podzielił stanowiska Dyrektora IS podnosząc, że: - to organy podatkowe mają obowiązek podejmować niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego. Jego zdaniem nie można wymagać od podatnika, aby udowadniał, że podjął wszystkie możliwe działania w celu upewnienia się co do rzeczywistości realizowania dostaw towarów. A fiskus przyjął, że przedsiębiorca z uwagi na zdobyte doświadczenie zarówno biznesowe, jak i życiowe, winien był wiedzieć, iż uczestniczy w procederze przestępczym, mimo że sprawdził kontrahentów w systemie VIES, pozyskał dokumenty rejestrowe, wcześniej w sposób długoletni i solidny współpracował z tymi kontrahentami, faktycznie i terminowo realizował dostawy, posiadał faktury i dołączone do nich odpowiednie dowody CMR (dopiero w trakcie postępowania okazało się, że zostały sfałszowane przez kontrahentów dla upozorowania faktu dostaw), wiele lat nie kwestionowano solidności rozliczeń przedsiębiorcy oraz nie objęto go postępowaniem karnym.
Według WSA nieuprawnione było twierdzenie, że przedsiębiorca winien mieć świadomość oszukańczego charakteru transakcji, w których uczestniczył, i nie dochował elementarnej staranności kupieckiej w tym zakresie.
Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Zdaniem sądu należało najpierw ocenić, czy fiskus musiał zbadać kwestię dochowania należytej staranności przez przedsiębiorcę. Sąd wskazał, że owszem w niektórych sytuacjach, biorąc pod uwagę orzecznictwo unijnego Trybunału Sprawiedliwości, organy podatkowe mają obowiązek wykazać, że podatnik wiedział lub przy dochowaniu należytej staranności powinien wiedzieć, iż transakcja stanowi oszustwo podatkowe (zob. wyroki: w sprawie Stehcemp, C-277/14; w sprawach połączonych Mahagében i Dávid, C-80/11 i C-142/11; postanowienie TSUE w sprawie Jagiełło C-33/13). W przeciwnym razie, mimo że faktura okazała się nierzetelna, podatnik zachowuje prawo do odliczenia z tego dokumentu.
Jak podkreślił sąd przesłanka ograniczająca de facto uprawnienie organu do zakwestionowania prawa do odliczenia nie obejmuje jednak przypadków, gdy odbiorca faktury nie otrzymuje jakiegokolwiek świadczenia. Obowiązek badania dobrej wiary odbiorcy faktury dotyczy bowiem tylko faktur nierzetelnych od strony podmiotowej, a niekiedy również przedmiotowej (gdy przedmiotem dostawy był jakiś towar choć inny lub usługa). Na organach nie ciąży natomiast taki obowiązek, gdy żadne świadczenie nie zostało wykonane. To zaś stanowiło niesporną okoliczność w rozpoznanej sprawie. Do takich przypadków nie można zatem, na zasadzie analogii, stosować wymienionych wcześniej orzeczeń TSUE, które zapadły w zgoła odmiennych stanach faktycznych, kiedy to faktury okazały się nierzetelne, lecz podatnik otrzymywał towar lub była na jego rzecz świadczona usługa.
Dlatego nawet, jeśli organy podatkowe nie wykazały, że przedsiębiorca był świadomy udziału w procederze stanowiącym działania oszukańcze na gruncie podatku VAT, czy też nie obaliły jego twierdzeń o dochowaniu należytej staranności kupieckiej, to i tak nie mogły naruszyć w ten sposób przepisów postępowania podatkowego, w stopniu mającym jakikolwiek wpływ na wynik sprawy.
Dlatego NSA nie zgodził się z WSA, że fiskus nie miał podstaw faktycznych, aby zakwestionować prawo przedsiębiorcy do odliczenia z "pustych faktur", tj. takich, za którymi nie szła jakakolwiek realna operacja gospodarcza.
Wyrok NSA z 23.11.2016 r., sygn. akt I FSK 566/15