W przedmiotowej sprawie podatnik świadczy usługi turystyki. Podstawę opodatkowania działalności podatnika, jako organizatora turystki, stanowi kwota marży, umniejszona o kwotę należnego podatku. Zdaniem podatnika ustalając wysokość marży na potrzeby rozliczenia podatkowego należy wziąć pod uwagę efekt całej sprzedaży zrealizowanej w danym okresie. Suma uwzględniająca zarówno wyniki dodatnie jak i ujemne poszczególnych transakcji pozwoli dopiero na prawidłowe określenie podstawy opodatkowania sprzedaży usług turystyki. A skoro marża w rozumieniu art. 119 ustawy o VAT może być wielkością dodatnią jak i ujemną to należy uznać, że przepis ten nie ogranicza konieczności rozliczenia podatku VAT tylko w przypadku, gdy wspomniana różnica jest wartością dodatnią.
Organ podatkowy nie przyjął jednak tego stanowiska i wskazał, że wykazywanie w deklaracji VAT-7 ujemnych kwot marży oraz ujemnej kwoty podatku należnego nie jest możliwe, gdyż przepisy art. 119 ustawy o VAT musiałyby przewidywać kumulowanie dodatniej i ujemnej marży. Zdaniem organu w przypadku podatku VAT nie może wystąpić sytuacja, w której podstawa opodatkowania mogłaby mieć wartość ujemną.
Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Zdaniem sądu "marża" może w konkretnym przypadku przybrać postać wartości dodatniej bądź ujemnej. Podatnik ustalając wielkość marży na potrzeby rozliczenia winien wziąć pod uwagę efekt całej swej sprzedaży zrealizowanej w tymże okresie. Dopiero suma, uwzględniająca zarówno wyniki dodatnie jak i ujemne poszczególnych transakcji, pozwoli dopiero na prawidłowe określenie podstawy opodatkowania sprzedaży usług turystyki. Jednak jak podkreślił NSA wystąpienie ujemnej marży nie daje podatnikowi możliwość wykazania w deklaracji ujemnego należnego podatku VAT. W ocenie Sądu kasacyjnego wyprowadzenie takiego wniosku z treści art. 119 ust. 1 i 2 ustawy o VAT jest niedopuszczalne, gdyż pozostaje on w oczywistej sprzeczności z istotą podatku, który ze swej natury nie może przyjmować wartości ujemnej. Poza tym przyjęcie wartości ujemnej podatku należnego można by utożsamiać ze świadczeniem pieniężnym w ramach którego beneficjentem jest podatnik, a zobowiązanym np. Skarb Państwa. Definicja podatku nie przewiduje takiej możliwości. Dlatego też wobec powstania ujemnej podstawy opodatkowania, podatek do zapłaty wyniesie 0 zł. Taką też kwotę należy wykazać w deklaracji podatkowej VAT-7 w poz. 30.
Wyrok NSA z 20 maraca 2012 r., I FSK 885/11