W przedmiotowej sprawie notariusz złożył wniosek o stwierdzenie nadpłaty wskazując, że wpłata podatku nastąpiła niezasadnie, bowiem polskie przepisy w zakresie PCC w dacie zawierania przedmiotowej czynności były niezgodne z prawem wspólnotowym.

Organ podatkowy odmówił wszczęcia wnioskowanego postępowania wskazując, że w kwestii omawianego podatku rozpatrzony już został wniosek podatnika o stwierdzenie nadpłaty i wydana została decyzja.

Notariusz zarzucił organowi naruszenie art. 165a § 1 i § 2 w zw. art. 133 o.p., poprzez odmowę wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty PCC w sytuacji, gdy istnieją przesłanki zobowiązujące organ podatkowy do jego wszczęcia.

W przedmiotowej sprawie należało więc udzielić odpowiedzi na pytanie jak powinien zachować się organ podatkowy w razie kolizji wniosków podatnika i płatnika o stwierdzenie nadpłaty. W szczególności, jak powinien był organ podatkowy potraktować w rozpatrywanej sprawie wniosek płatnika o stwierdzenie nadpłaty nienależnie pobranego PCC, w której uprzednio złożony takiż wniosek podatnika został rozstrzygnięty decyzją ostateczną.

Zdaniem NSA, do którego ostatecznie trafiła sprawa, jeśli z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wystąpi podatnik lub płatnik, to organ podatkowy jest zobowiązany, stosownie do art. 165 § 3a o.p. zawiadomić o wszczęciu postępowania na wniosek jednej ze stron wszystkie pozostałe podmioty będące stroną w sprawie. W postępowaniu takim organ podatkowy jest zobowiązany ustalić z czyją nadpłatą w konkretnym przypadku ma do czynienia (podatnika czy płatnika).

A skoro w niniejszej sprawie organ podatkowy na skutek uprzednio złożonego przez podatnika wniosku odmówił stwierdzenia nadpłaty, to drugi podmiot (płatnik) nie ma prawnej możliwości dochodzenia stwierdzenia nadpłaty, zwłaszcza tej, która dotyczy w rozpatrywanej sprawie – zdaniem podatnika i płatnika – podatku pobranego przez płatnika i wpłaconego do organu podatkowego nienależnie. Skoro na wniosek podatnika o odmowie nienależnie pobranego podatku rozstrzygnął organ podatkowy, aprobując prawidłowość pobrania podatku, to drugi z uprawnionych podmiotów (płatnik) nie ma już podstawy do składania takiego wniosku, gdyż byłaby to druga decyzja w tej samej sprawie. Prawidłowo zatem organ podatkowy odmówił wszczęcia postępowania podatkowego na podstawie art. 165a § 1 o.p., przyjmując, że sytuację, w której w danej sprawie wydana już została decyzja o odmowie stwierdzenia nadpłaty podatku, należy traktować, jako "inną przyczynę", z powodu której postępowanie nie może być wszczęte.

Wyrok NSA z 2 października 2012 r., II FSK 289/11