W tym miejscu rodzi się problem związany z koniecznością, bądź jej brakiem uwzględniania stanowiska sądu, które zostało przezeń sformułowane w toku rozprawy. Zdaniem G. Dudara organ podatkowy w postępowaniu interpretacyjnym, będącym następstwem uchylenia przez Sąd indywidualnej interpretacji, nie będzie mógł wydać interpretacji, która stałaby w sprzeczności ze stanowiskiem sądu wyrażonym w sprawie. Wg autora taki wniosek płynie z treści przepisu art. 153 ppsa, zgodnie z którym ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie ten sąd oraz organ, którego działanie lub bezczynność było przedmiotem zaskarżenia. Dodatkowo na uwadze należy mieć przepis art. 170 ppsa, wg którego orzeczenie prawomocne wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy i inne organy państwowe a w przypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby. Taki pogląd wyraził G. Dudar- Skarga sądowo-administracyjna na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydawana w indywidualnej sprawie, Zeszyty Naukowe Sądownictwa Administracyjnego, nr 3/2008, str. 95. Jak pisze H. Filipczyk: „wyrok sądu wydany w ramach sądowej kontroli interpretacji wiąże organ w postępowaniu interpretacyjnym. Podkreślić należy, że sąd rozpoznając skargę na indywidualną interpretację nie jest związany zakazem reformationis in peius. Zakaz ten wprowadza art. 134 § 2 ppsa stanowiąc, że sąd nie może wydać orzeczenia na niekorzyść skarżącego. Nie obowiązuje go więc niemożność orzekania na niekorzyść skarżącego, w stosunku do rozstrzygnięcia jakie zostało wydane przez organ wydający interpretację. Więcej na ten temat napisał m.in. R. Wiatrowski, Wybrane aspekty sądowej kontroli indywidualnych interpretacji podatkowych, Zeszyty Naukowe Sądownictwa Administracyjnego, nr 2/2002, str. 68-72.