Projektowana ustawa została opracowana w związku z rozstrzygnięciem zawartym w wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14, dotyczącym zmiany sposobu rozliczania VAT przez samorządy i utworzone przez nie jednostki organizacyjne. W konsekwencji tego wyroku samorządowe jednostki budżetowe nie posiadają odrębności podatkowej na gruncie przepisów o VAT, zatem wszelkie czynności przez nie dokonywane powinny być rozliczane przez jednostkę samorządu terytorialnego, która je utworzyła.
Zobacz: TSUE: gminna jednostka budżetowa nie może zostać uznana za podatnika VAT >>
Ponadto, 26 października 2015 r. Naczelny Sąd Administracyjny w składzie 7 sędziów podjął uchwałę (I FPS 4/15), zgodnie z którą, w świetle ustawy o VAT, gmina ma prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupowych związanych z realizacją inwestycji, które zostały następnie przekazane do gminnego zakładu budżetowego, który realizuje powierzone mu zadania własne tej gminy, jeżeli te inwestycje są wykorzystywane do sprzedaży opodatkowanej podatkiem od towarów i usług. NSA wskazał, że gminne zakłady budżetowe nie mogą być uznane za odrębnego od gminy podatnika VAT gdyż nie spełniają one warunku samodzielności. W związku z podjętą uchwałą gminne zakłady budżetowe objęte zostaną obowiązkowym „scentralizowaniem” rozliczeń w podatku VAT w samorządach.
Zobacz: Gminne zakłady budżetowe nie mogą być uznane za odrębnego od gminy podatnika VAT >>
W związku z zapadłymi wyrokami zaistniała potrzeba wprowadzenia norm prawnych, które zapewnią samorządom instrumenty prawne zarówno wspomagające proces centralizacji w wymiarze formalno-prawnym, jak i minimalizujące uciążliwości z tym związane. Projektowane regulacje mają zagwarantować samorządom brak konieczności zwrotu środków w przypadku korzystania przez nie z programów finansowanych ze środków europejskich w takim zakresie w jakim wskutek wyroku TSUE nastąpiła zmiana wysokości wydatku kwalifikowalnego związanego z zakupem towarów i usług pod warunkiem, że nie dokonano obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.
Z kolei brak obowiązku zwrotu środków unijnych pozwoli na brak konieczności zwrotu kwot podatku naliczonego, objętego finansowaniem tymi środkami, z budżetu państwa. Brak konieczności zwrotu tych środków przez samorządy nie zwalnia jednak Polski z konieczności ich zwrotu do Komisji Europejskiej, zwrot ten jednak nastąpi bez obciążania beneficjentów jego kosztami.
Projektowane przepisy uporządkują też sytuacje przejściowe związane z obowiązkową od 1 lipca 2016 r. centralizacją rozliczeń oraz uregulują zasady korygowania rozliczeń w okresach przed tą datą. Istotą rozwiązań zawartych w projekcie ustawy jest obowiązkowe „scentralizowanie” w samorządach wszystkich jednostek i zakładów budżetowych za miesiąc lipiec 2016 r. lub trzeci kwartał 2016 r. (jeżeli samorząd rozlicza się kwartalnie), brak konieczności wystawiania faktur korygujących, możliwość dalszego ewidencjonowania obrotu przy pomocy kas, których fiskalizacji dokonały jednostki organizacyjne, jednak nie dłużej niż do 31 grudnia 2018 r., sukcesja praw i obowiązków jednostki samorządu terytorialnego, która z dniem podjęcia wspólnego rozliczania wstępuje we wszystkie przewidziane w przepisach prawa podatkowego prawa i obowiązki swojej jednostki organizacyjnej.