Zgodnie z rządowym projektem, od 1 stycznia 2017 r. zostanie wprowadzona obowiązkowa centralizacja rozliczeń w jednostkach samorządu terytorialnego w zakresie podatku VAT. Do końca 2016 r. nie będą zatem kwestionowane rozliczenia dokonywane przez samorządy z zastosowaniem dotychczasowego modelu rozliczeń.
Nowe regulacje są związane z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14 Gmina Wrocław przeciwko ministrowi finansów oraz uchwałą NSA z 26 października 2015 r. Zgodnie z orzeczeniem TSUE, samorządowe jednostki budżetowe nie posiadają odrębności podatkowej na gruncie przepisów o VAT. Oznacza to, że wszelkie czynności przez nie dokonywane w zakresie tego podatku powinny być „scentralizowanie”, czyli rozliczane przez jednostkę samorządu terytorialnego, która je utworzyła. Samorządowe zakłady budżetowe i jednostki budżetowe gmin nie są podatnikami VAT – podatnikami VAT są gminy.
Zobacz: TSUE: gminna jednostka budżetowa nie może zostać uznana za podatnika VAT >>
Gminne zakłady budżetowe nie mogą być uznane za odrębnego od gminy podatnika VAT >>
Zgodnie z projektem ustawy, scentralizowanie rozliczeń nastąpi „w przód”. Samorządy będą mogły jednak podjąć decyzję o dokonaniu korekt rozliczeń. O tym, jaki okres objąć scentralizowanym modelem rozliczeń, zadecydują składając korekty deklaracji podatkowych za wszystkie okresy rozliczeniowe, w których jednostki organizacyjne rozliczały odrębnie podatek, licząc od najwcześniejszego okresu rozliczeniowego, za jaki zostały złożone te korekty, do momentu wprowadzenia modelu scentralizowanego.
Nie będzie możliwe sporządzanie korekt wybiórczych, czyli tylko za wybrane przez samorządy okresy rozliczeniowe. Sporządzenie korekty musi obejmować w szczególności: skorygowanie wysokości deklarowanego obrotu, m.in. przez uwzględnienie obrotów jednostek budżetowych dotychczas zwolnionych z VAT oraz zastosowanie w odliczeniach podatku naliczonego zasad dotyczących tzw. prewspółczynnika.
W związku z tym, że wyrok TSUE może skutkować w niektórych przypadkach korzystania przez samorządy z programów finansowanych ze środków przeznaczonych na realizację projektów zmianą kwalifikowalności podatku VAT w części dotyczącej kwoty podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług finansowanej z tych środków – w projekcie ustawy przewidziano brak konieczności zwrotu tych środków od beneficjentów w przypadku braku korekty podatku naliczonego.