Przepisy ustawy o służbie medycyny pracy zaliczają wykonywanie badań lekarskich pracowników do „profilaktycznej opieki zdrowotnej”. Z kolei z opodatkowania podatkiem od towarów i usług zwolnione są m.in. usługi opieki medycznej służących profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia. Prostym i logicznym wnioskiem byłoby, więc uznanie, że usługi wchodzące w zakres medycyny pracy w sposób jednoznaczny są zwolnione z opodatkowania podatkiem VAT. Niestety tak nie jest.

Analizując liczne orzecznictwo sądowe dotyczące kwestii zwolnienia usług medycyny pracy okazuje się, że nie jest kwestionowany charakter tych usług i zakres wykonywanych czynności. Sporny pozostaje ich faktyczny cel. Właśnie pojęcie "profilaktyki", którego nie definiuje ustawa o VAT jest kością niezgody pomiędzy podatnikiem a fiskusem.

MF: usługi medycyny pracy nie podlegają zwolnieniu z VAT
Zdaniem organów podatkowych usługi świadczone przez ośrodki medycyny pracy nie podlegają zwolnieniu z VAT. Ich usługi (przede wszystkim badania lekarskie pracowników) nie mają, bowiem zasadniczo na celu opieki medycznej służącej profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia. Dopiero sądy administracyjne ustalają zakres tego pojęcia a w konsekwencji rozstrzygają, które usługi wchodzące w zakres medycyny pracy podlegają zwolnieniu.

Badanie nie tylko dla celów pracodawcy
Sprawę komplikuje to, że niektóre usługi wchodzące w zakres medycyny pracy mogą być wykonywane również w innym celu niż profilaktyczne. Często, bowiem usługi mają charakter mieszany, tj. z jednej strony służą dostarczeniu informacji pracodawcy odnośnie stanu zdrowia osoby badanej na potrzeby zawodowe (charakter sprawozdawczy), a zarazem wpisują się w szeroko pojmowaną indywidualną profilaktykę zdrowotną.

Marcin Milczarek, radca prawny i partner w Ecovis Milczarek i Wspólnicy Kancelaria Prawna wskazuje w poradniku Medycyna pracy a VAT, że zastosowanie zwolnienia z opodatkowania podatkiem VAT (określonego w art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT), zależy od wykonywania określonego rodzaju usług (kryterium przedmiotowe) przez określonych podatników (kryterium podmiotowe). Spełnienie obu tych kryteriów musi nastąpić łącznie. Dlatego autor w tym opracowaniu wskazuje, jak w konkretnych przykładach wygląda zastosowanie zwolnienia, czy określonej stawki podatku VAT.

Badania profilaktyczne kierowców i motorniczych
Autor w tym komentarzu porusza także temat badań profilaktycznych kierowców i motorniczych. Zdania w kwestii ich opodatkowania są bowiem także podzielone. Ci, którzy wskazują, że takie badania powinny podlegać opodatkowaniu podatkiem VAT opierają swoje stanowisko na założeniu, że badania psychologiczne kierowców jednoznacznie wskazują, że ich głównym celem jest wydanie orzeczenia, uprawnienia, że osoba badana jest zdolna do prowadzenia pojazdów. Uważają, iż usługa medyczna w zakresie zbadania sprawności psychomotorycznej kierowców nie ma zasadniczo na celu ochrony zdrowia, stąd nie może być objęta zwolnieniem od podatku od towarów i usług.
Ostatecznie w tej sprawie zabrał głos NSA w opisywanym przez nas wyroku z 24.03.2017 r., I FSK 1314/15- zob. Badania psychologiczne pracowników też korzystają ze zwolnienia z VAT. Zdaniem sądu badania psychologiczne przeprowadzane w ramach medycyny pracy realizują cel zwolnienia przewidzianego w art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT, gdyż są częścią badań wstępnych, kontrolnych i okresowych wykonywanych przez medycynę pracy. NSA zwracał uwagę, że katalog badań profilaktycznych medycyny pracy nie ma charakteru zamkniętego. Jeśli badania psychologiczne były do nich włączone, to podlegają zwolnieniu z podatku VAT. W wyroku tym wskazano, że nie można sztucznie rozdzielać badań wstępnych, kontrolnych i okresowych, abstrahując od specyfiki określonej pracy. Celem tych badań jest, bowiem szeroko rozumiana profilaktyka zdrowotna i zawsze kompleks tych badań kończy się wydaniem zaświadczenia dla pracodawcy, które jest niezbędnym warunkiem zatrudnienia pracownika.

Sporów byłoby mniej, gdyby...- postulat eksperta
Adam Bartosiewicz, doradca podatkowy w EOL Kancelaria Doradztwa Podatkowego, wskazuje w komentarzu do ustawy o VAT, wyd. XI, że z przepisów kodeksu pracy wynika, że celem niektórych badań lekarskich (wstępnych i kontrolnych) jest stwierdzenie zdolności albo braku przeciwwskazań do wykonywania pracy na określonym stanowisku. Autor komentarza proponuje więc rozważyć wyodrębnienie badań wstępnych oraz badań kontrolnych pracowników jako nieobjętych zwolnieniem od podatku.

Szczegółowe omówienie możliwości stosowania zwolnienia z VAT do innych usług związanych z opieką medyczną znajdziesz w analizie Usługi medyczne - zwolnienie z VAT.