Wprowadzone zmiany związane są z postulatami de lege ferenda Najwyższej Izby Kontroli wynikającymi z kontroli funkcjonowania instytucji gospodarki budżetowej Instytucje te są stosunkowo nową formą organizacyjno-prawną sektora finansów publicznych – w 2009 r. zastąpiły tzw. gospodarstwa pomocnicze. Są to jednostki sektora finansów publicznych tworzone do realizacji zadań publicznych, odpłatnie wykonujące wyodrębnione zadania, pokrywające co do zasady koszty swojej działalności oraz zobowiązania z uzyskiwanych przychodów. Podczas kontroli NIK stwierdziła m.in., że większość IGB ma trudności z samofinansowaniem, a przepisy regulujące ich działalność wymagają doprecyzowania.
W myśl znowelizowanych przepisów koszty instytucji gospodarki budżetowej będą mogły być ponoszone tylko w ramach uzyskanych przychodów, z uwzględnieniem możliwości wykorzystania środków pieniężnych z poprzednich okresów, pozostających w dyspozycji tej jednostki.
Do ustawy o finansach publicznych dodano również przepis stanowiący, iż za zgodą organu wykonującego funkcje organu założycielskiego, wydaną w porozumieniu z ministrem finansów, w trakcie roku budżetowego mogą być dokonywane zmiany planu finansowego polegające na zwiększeniu kosztów ponad planowane przychody, jednak nie więcej niż o środki pieniężne z poprzednich okresów, pozostające w dyspozycji instytucji gospodarki budżetowej.
Ponadto w ustawie doprecyzowano, że do zadań dyrektora instytucji gospodarki budżetowej należy przygotowanie rocznego sprawozdania finansowego instytucji gospodarki budżetowej oraz przygotowanie rocznego sprawozdania z działalności instytucji gospodarki budżetowej, którego zakres informacyjny określa ustawa o rachunkowości.
Zgodnie z nowelizacją, IGB będą tworzyły z zysku netto fundusz zapasowy, z którego będą finansowane inwestycje oraz pokrywane strat.