W przedmiotowej sprawie spółka wystąpiła do naczelnika urzędu celnego z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty pobranych odsetek. Naczelnik urzędu celnego odmówił stwierdzenia nadpłaty pobranych odsetek, a dyrektor izby celnej uchylił tą decyzję i umorzył postępowanie podnosząc, że żaden przepis prawa celnego nie daje organowi celnemu podstaw do procesowania w przedmiocie nadpłaty, o której mowa w art. 72 i n. o.p.
Sprawa trafiła do NSA. Zdaniem sądu nie jest zasadny zarzut spółki, iż dyrektor izby celnej uniemożliwił kwestionowanie wysokości pobranych odsetek przy zastosowaniu instytucji stwierdzenia nadpłaty przyjmując, że postanowienie w sprawie zaliczenia wpłat na poczet zaległości celnych przesądza w sposób ostateczny o sposobie zaliczenia wpłat na poczet odsetek.
Zdaniem sądu postanowienie w sprawie zaliczenia wpłat na poczet zaległości celnych można kwestionować, pomimo jego informacyjnego charakteru. Istnieje bowiem możliwość jego zaskarżenia zażaleniem, a następnie skargą do sądu administracyjnego. Spółka w niniejszej sprawie nie skorzystała z możliwości zaskarżenia tego postanowienia, czym przesądziła w sposób ostateczny o sposobie zaliczenia dokonanych wpłat na poczet odsetek. Dokonane zarachowanie istnieje więc w sensie prawnym wywołując skutki prawne w nim zawarte.
Sąd podzielił też stanowisko organu celnego, że o ile przepis art. 65 ust. 6 Prawa celnego odsyła w zakresie wysokości i zasad pobierania odsetek do przepisów odrębnych dotyczących pobierania odsetek za zwłokę od należności podatkowych, a więc do art. 53-56 o.p., o tyle żaden przepis prawa celnego, w tym art. 73, nie daje organowi celnemu podstaw do procedowania w przedmiocie nadpłaty, o której stanowi rozdział 9 Dział III o.p.
Podsumowując strona, która nie złożyła zażalenia na postanowienie wydane przez organ celny w trybie art. 62 § 4 o.p. w sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości celnych i odsetek za zwłokę, nie może dochodzić stwierdzenia nadpłaty odsetek powołując się na instytucję nadpłaty, o której stanowi art. 72 i nast. o.p.
Wyrok NSA z 14 września 2012 r., I GSK 1162/11