W przedmiotowej sprawie organ podatkowy stwierdził niedopuszczalność wniesienia przez podatnika odwołań od wyników kontroli, wydanych przez dyrektora UKS. Zdaniem organu podatkowego wyniki kontroli, nie będąc decyzjami, ani aktami lub czynnościami z zakresu administracji publicznej, dotyczącymi uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego nie podlegały zaskarżeniu – nie ustalały wysokości zobowiązań podatkowych.
Zdaniem podatnika w trakcie kontroli nieprawidłowo określono wysokość poniesionych przez niego wydatków oraz uzyskanych przychodów, a wyniki kontroli stały się podstawą do wydania decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego. Stąd też, według podatnika zaskarżone postanowienia były błędne i należało je uchylić.
Sprawa najpierw trafiła do WSA w Krakowie. Sąd nie podzielił zarzutu podatnika i wskazał, że w wynikach kontroli podatkowej ustalono jedynie różnicę w wysokości wykazanej przez podatnika wydatków oraz dochodów w stosunku do tej, którą na dowodów, określili kontrolujący. Ich treść nie nakładała na podatnika żadnych obowiązków i nie obligowała ich do uiszczenia należności podatkowych. W opinii sądu, fakt, że wyniki kontroli podatkowej oddziaływały pośrednio na sytuację prawną podatnika pozostawało bez znaczenia, ponieważ każde ustalenia faktyczne, dokonane przez organy podatkowe, wpływają na sytuację prawną podatników. Ponadto wyniki kontroli nie mają wiążącego charakteru również w kwestii przedstawionych w nim ustaleń stanu faktycznego – w trakcie późniejszego postępowania dowodowego można doprowadzić do zmienienia zawartych w nich ustaleń faktycznych.
NSA podzielił stanowisko WSA. Sąd kasacyjny dodał, że jeśli wynik kontroli, wskazuje wyłącznie stwierdzone uchybienia oraz dokonuje ustaleń faktycznych, a tym samym nie dotyczy przyznania, stwierdzenia albo uznania uprawnień bądź obowiązków wynikających z przepisów prawa, nie podlega zaskarżeniu do sądu administracyjnego. NSA zwrócił uwagę, że w niniejszej sprawie podatnik nie podjął próby wykazania, że kwestionowane wyniki kontroli posiadają znamiona aktów lub czynności wymienionych w art. 3 § 2 pkt 4 p.p.s.a., poprzestając na zasygnalizowaniu ich wpływu "na obowiązki podatkowe". Zdaniem Sądu, sam wynik kontroli, stwierdzający nieprawidłowości, nawet w wypadku wszczęcia określonego postępowania, "stanowić będzie wyłącznie jeden z dowodów w sprawie".
Wyrok NSA z 26 października 2012 r., II FSK 532/11