Do najważniejszych zmian korzystnych dla przedsiębiorców, jakie wprowadza rozporządzenie zmieniające rozporządzenie w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług należą:

1. Umożliwienie wystawiania faktur VAT również zarejestrowanym podatnikom VAT zwolnionym, przy zachowaniu możliwości wystawiania rachunków.
2. Faktury dokumentujące sprzedaż paliw do samochodu nie będą musiały już zawierać jego numeru rejestracyjnego.
3. Wprowadzenie możliwości wystawiania faktur uproszczonych w przypadku gdy kwota transakcji nie przekracza 450 zł albo 100 euro, przy zachowaniu możliwości wystawienia faktury z pełnymi danymi.
4. Pozostawienie w gestii stron transakcji kwestii wyboru „samofakturowania” i sposobu zatwierdzania poszczególnych faktur przez sprzedawcę.
5. Umożliwienie wyboru sposobu liczenia kwoty podatku od kwoty brutto.
6. Możliwość wystawiania faktur zbiorczych za wszystkie transakcje dokonane w ciągu miesiąca kalendarzowego, a nie jak obecnie kolejnych 7 dni.
7. Wystawianie faktur dokumentujących dostawy wewnątrzwspólnotowe nawet do 15. dnia następującego po miesiącu , w którym transakcje te miały miejsce.

Ponadto rozporządzenie wprowadza zmianę dotycząca małych podatników, rozliczających się metoda kasową, którzy w treści wystawianych faktur zamiast oznaczenia „Faktura VAT-MP” będą zamieszczać oznaczenie ‘metoda kasowa” i podatników świadczących usługi turystyki oraz dokonujących dostaw, o których mowa w art. 120 ustawy o VAT, którzy będą zobowiązani do zamieszczania w treści faktur odpowiednich oznaczeń – „procedura marzy dla biur podróży, „procedura marży –towary używane”, „procedura marży-dzieła sztuki” lub „procedura marży-przedmioty kolekcjonerski i antyki”.

Nie ulegną zmianie, co do zasady, reguły dotyczące fakturowania sprzedaży ciągłej, obecnie terminy wystawiania faktur, dane, które powinny one zawierać oraz wydanie opakowania zwrotnego czy tez lista dokumentów, które obecnie uznawane są za fakturę. Co do zasady bez zmian pozostawiono także zasady przechowywania faktur.

Rozporządzenie z 11 grudnia 2012 r. zmieniające rozporządzenie w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. poz. 1428) wejdzie w życie 1 stycznia 2013 r.