Spółka jest właścicielem budynków i ich części, które wynajmuje. Niektórzy najemcy dokonują wydatków na środki trwałe będące przedmiotem wynajmu. Spółka przewiduje, że w przyszłości może dojść do zdarzenia, w którym nie poniesie wydatków dotyczących ulepszenia, ponieważ nie zostaną one rozliczone pomiędzy nią a najemcami. W związku z tym wniosła wniosek o interpretację przepisów prawa podatkowego, w którym zadała pytanie, czy wydatki poniesione przez najemców, w tym przekraczające 30% wartości początkowej zabudowania, a których nie poniosła spółka, wpływają na ocenę pierwszego zasiedlenia i możliwość zastosowania zwolnienia.

Spółka twierdziła, że do pierwszego zasiedlenia doszło, gdy ulepszenie zabudowania przekroczyło poziom 30% wartości początkowej budynku. Przy czym za wartość początkową zabudowania należy uznać wartość początkową obejmującą wartość wcześniejszych ulepszeń zgodnie z ustawą o podatku dochodowym od osób prawnych.

Organ podatkowy, udzielając odpowiedzi na pytanie ze wniosku o interpretację indywidualną, stanął na stanowisku, że wyliczając procentowy udział poniesionych nakładów na dany obiekt, poszczególne zadania inwestycyjne, stanowiące ulepszenia w rozumieniu ustawy o CIT, należy rozliczyć oddzielnie, odnosząc każdorazowo do wartości początkowej.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (III SA/Wa 743/15) zaaprobował stanowisko organu interpretacyjnego, że należy aktualizować wartość początkową o poprzednie ulepszenia następujące po przekroczeniu każdorazowo 30% poprzedniej wartości początkowej. WSA uznał, że prawidłowym poglądem jest, aby wartość poniesionych nakładów odnosić do wartości historycznej w celu wyliczenia udziału procentowego. Ponadto sąd pierwszej instancji powołał się na wyrok NSA (I FSK 1605/10), z którego wynika, że ulepszenia budynku należy zsumowywać, ponieważ nie ma podstaw do rozbijania kwot ulepszeń na poszczególne lata.
 
8 grudnia br. Naczelny Sąd Administracyjny (I FSK 567/16) potwierdził stanowisko organu interpretacyjnego i WSA i oddalił skargę kasacyjną. NSA odwołał się do wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (C-308/16), w którym TSUE przesądził, że przepisy dyrektywy należy interpretować jako sprzeciwiające się obowiązywaniu przepisów krajowych, które uzależniają zwolnienie z VAT dostaw budynków od spełnienia dwóch warunków, zgodnie z którymi czynność nie może dotyczyć dostawy dokonanej w ramach pierwszego zasiedlenia następującego w wykonaniu czynności podlegającej opodatkowaniu. Jednak, tak jak zauważył NSA, ta kwestia nie była głównym problem w sprawie. Rozstrzygana kwestia dotyczyła sposobu obliczenia wartości początkowej z uwzględnieniem progu 30%. Sąd drugiej instancji podzielił stanowisko WSA, iż wartość ulepszeń, w rozumieniu ustawy o CIT, do którego odsyła ustawa o VAT, należy odnieść do wartości początkowej z dnia przejęcia środka trwałego do używania, czyli do wartości historycznej. Dodatkowo NSA przyznał rację WSA, że nieuzasadnionym było w sprawie sięganie do wykładni systemowej zewnętrznej.

Anna Olbrych