W przedmiotowej sprawie czynny podatnik VAT w składanych miesięcznych deklaracjach VAT-7 wykazuje nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym i deklaruje tę kwotę, jako kwotę różnicy do zwrotu na rachunek bankowy jak również zamierza składać wnioski o zaliczenie kwoty zwrotu podatku VAT na poczet różnych zobowiązań, należności publicznoprawnych, do których stosuje się przepisy Ordynacji podatkowej.
Podatnika uznał, że jest uprawniony do dokonania zaliczenia kwoty zwrotu podatku od towarów i usług lub jej części na poczet zobowiązań podatkowych z tytułu podatku od nieruchomości oraz opłaty za korzystanie ze środowiska. Zaliczenie kwoty zwrotu podatku od towarów i usług na poczet innych zobowiązań następuje w momencie złożenia deklaracji VAT-7, w której wykazana zostanie kwota zwrotu podatku od towarów i usług wraz z wnioskiem o jego zaliczenie na poczet innych zobowiązań.
Organ podatkowy uznał jednak, że skoro naczelnik urzędu skarbowego nie jest organem właściwym w sprawach należności podatnika z tytułu podatku od nieruchomości i opłat za korzystanie ze środowiska, nie może dokonywać zaliczenia zwrotu podatku od towarów i usług na te zobowiązania publicznoprawne. Czynność taka naruszałaby bowiem zasadę działania organów władzy publicznej na podstawie i w granicach prawa. Stanowisko organu podatkowego poparł także WSA w Bydgoszczy (wyrok z 22 grudnia 2010 r., I SA/Bd 951/10).
Zdaniem Sądu zaliczenie zwrotu podatku na zobowiązania publicznoprawne podatnika nie może zostać dokonane z naruszeniem właściwości organu podatkowego. Organ ten nie może wydać postanowienia w sprawie takiego zaliczenia, które skutkowałoby wygaśnięciem zobowiązania z tytułu podatku, którego ustalanie, określanie i pobór pozostaje we właściwości innego organu.
Sprawa trafiła do NSA. Zdaniem NSA wbrew twierdzeniom organu podatkowego i WSA istnieje możliwość zaliczenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na poczet zobowiązań podatkowych, dla których właściwy jest inny organ podatkowy, aniżeli organ właściwy dla rozliczeń podatku od towarów i usług. W takim przypadku podatnik winien złożyć wraz z deklaracją VAT-7 wykazującą podatek VAT do zwrotu, stosowny wniosek, opisujący charakter zobowiązania podatkowego oraz organ podatkowy właściwy dla tego zobowiązania.
Dlatego, gdy z prośbą o zaliczenie zwraca się podatnik i przedstawia dane dotyczące wysokości zobowiązania i dane organu podatkowego, w którym ono widnieje występują przesłanki do zaliczenia tej nadpłaty (zwrotu podatku) na poczet przedmiotowych zobowiązań. Jeżeli fakt istnienia zaległości zostanie potwierdzony, to należy uznać, że brak jest przeszkód prawnych do zaliczenia zwrotu VAT na poczet wskazanych zaległości.
Wyrok NSA z 20 stycznia 2012 r., I FSK 577/11