Nowelizacja ustawy o podatku tonażowym z 7 grudnia 2012 r. wprowadziła między innymi zmianę polegająca na zastąpieniu pojęcia armatora pojęciem przedsiębiorcy żeglugowego, które jest zgodne z określeniem "shipping company" używanym w Wytycznych Wspólnoty w sprawie pomocy publicznej dla transportu morskiego, na których jest oparta ustawa o podatku tonażowym. W związku z tym powstała konieczność wydania nowego rozporządzenia, które posługiwałoby się terminologią używaną w ustawie.

Ustawa o podatku tonażowym zobowiązuje przedsiębiorców żeglugowych do prowadzenia wykazu środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych związanych z działalnością objętą opodatkowaniem podatkiem tonażowym. Rozporządzenie określa sposób prowadzenia tego wykazu.

Przedsiębiorcy żeglugowi w prowadzonym wykazie powinni wykazać określone w rozporządzeniu elementy, co umożliwi nie tylko prawidłowa kontrolę posiadanych środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, ale również umożliwi prawidłowe określenie podstawy opodatkowania ich podatkiem dochodowym w przypadku rezygnacji z podatku tonażowego.

Podatnicy prowadzący działalność opodatkowaną podatkiem dochodowym mający obowiązek prowadzenia stosownej ewidencji, którzy następnie przejdą na podatek tonażowy, będą mieli prawo prowadzić wykaz poprzez kontynuowanie prowadzenia tej ewidencji, pod warunkiem, że będzie ona odpowiadać wymaganiom wynikającym z rozporządzenia z 21 czerwca 2013 r. w sprawie sposobu prowadzenia przez przedsiębiorców żeglugowych opodatkowanych podatkiem tonażowym wykazu środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych (Dz. U. poz. 761).

Wykaz może być prowadzony w postaci elektronicznej, ale podatnicy mają obowiązek sporządzać co miesiąc wydruki zapisów dokonanych za poprzedni miesiąc.