Projektowana zmiana umożliwia organom podatkowym wstrzymanie zwrotu VAT na czas obejmujący „sprawdzenie rozliczenia podatnika, rozliczeń innych podmiotów biorących udział w obrocie towarami lub usługami, będących przedmiotem rozliczenia podatnika oraz sprawdzenie zgodności tych rozliczeń z faktycznym przebiegiem transakcji".
Lewiatan za słuszny uznaje zamiar ustawodawcy ograniczenia możliwości wyłudzeń nienależnych zwrotów VAT, jednak mechanizm proponowany w przepisie, nawet jeżeli poprawia sytuację Skarbu Państwa w walce z nadużyciami, stanowi zagrożenie dla uczciwych podatników i jest niezgodny z podstawowymi zasadami legislacji, takimi jak postulat określoności prawa czy zasada działania w sposób budzący zaufanie do organów państwa.
Obecnie obowiązujące regulacje pozwalają organom na wstrzymanie zwrotów VAT do czasu zakończenia enumeratywnie wymienionych działań i już ich stosowanie prowadzi do sytuacji, w których wstrzymanie zwrotu VAT prowadzi do utraty płynności finansowej przedsiębiorstw, a z uwagi na wysokie kwoty należności, których zwrot opóźnia się, efektem może być nawet upadek przedsiębiorstwa.
Jak zauważają eksperci Konfederacji, brak jest przepisów warunkujących odliczenie podatku przez podatnika od zachowań i rozliczeń podmiotów, o których udziale w obrocie danym towarem nie wiedział i nie miał możliwości ich weryfikacji. Tym samym wydłużanie terminu zwrotu VAT dla danego podatnika, w celu weryfikacji rozliczeń innych podmiotów, o których istnieniu i udziale w transakcji nie mógł mieć wiedzy, ani nie miał możliwości weryfikacji ich rozliczeń, nie znajduje żadnego uzasadnienia w przepisach ustawy o VAT.
W praktyce planowana regulacja pozwoli organom przedłużać terminy zwrotu na czas nieokreślony. W momencie wydawania postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu, nie jest możliwe określenie, jak długo takie czynności potrwają. Największy ciężar ryzyka prowadzenia postępowania w sposób przewlekły ponosił będzie podatnik występujący o zwrot podatku. Opieszałe prowadzenie czynności sprawdzających przez organy będzie skutkować wydłużeniem terminu zwrotu podatku, którego ekonomiczny ciężar poniesie podatnik.
Zdaniem Lewiatana absolutnie niedopuszczalne jest dodanie do ustawy o VAT przepisu, umożliwiającego organom podatkowym dokonywanie działań o tak doniosłych z punktu widzenia podatnika skutkach, bez możliwości przeciwdziałania ze strony podatnika. Projekt nie przewiduje bowiem uprawnienia do wniesienia zażalenia na postanowienie, na podstawie którego następuje wstrzymanie zwrotu VAT. Jest to regulacja skrajnie profiskalna, stwarzająca możliwość ogromnych nadużyć, których negatywnym skutkom podatnik efektywnie nie może zapobiec.
