Dyrektywa w sprawie zwrotu podatku VAT weszła w życie 1 stycznia 2010 r. Dzięki niej podatnicy mogą uzyskać zwrot VAT za wydatki poniesione z tytułu działalności gospodarczej w państwie członkowskim, w którym nie mają siedziby. Zakłada ona wprowadzenie systemu elektronicznego umożliwiającego podatnikowi złożenie wniosku o zwrot podatku poprzez portal internetowy zaprojektowany przez państwo członkowskie, w którym ma on siedzibę. Państwa członkowskie miały uruchomić swoje portale do dnia 1 stycznia 2010 r.  Jednak w niektórych państwach proces ten opóźnia się, natomiast część z nich napotyka problemy techniczne związane z uruchomieniem portalu. Oznacza to, że podatnicy nie mają możliwości złożenia wniosków o zwrot przedmiotowego podatku.  Eksperci zwracali już uwagę, że mając na uwadze wspomniane opóźnienia, a także aby zabezpieczyć prawo podatników do odliczenia podatku VAT, należy przesunąć termin składania wniosków z września 2010 na marzec 2011 r. w odniesieniu do wydatków poniesionych w roku 2009.

Ponadto państwa członkowskie mają rozbieżne poglądy na temat technicznych szczegółów wdrożenia dyrektywy. Konieczne jest zatem określenie skutecznego mechanizmu, który pozwoliłby ujednolicić niektóre szczegółowe wymogi w tym zakresie. Mając to na uwadze, we wniosku Komisji zawarto postulat, aby została ona upoważniona – za zgodą Stałego Komitetu ds. Współpracy Administracyjnej – do przyjęcia przepisów technicznych umożliwiających pełną kompatybilność wymienionego systemu w całej UE.

Przebieg procedury

Dyrektywa w sprawie zwrotu VAT zastąpiła procedurę zwrotu tego podatku opartą o obieg dokumentów w wersji papierowej, określoną w przepisach z 1979 r. Procedura ta zakładała, że w celu otrzymania zwrotu podatnicy wysyłają oryginały faktur do wszystkich państw członkowskich, w których ponieśli koszty związane z VAT. Celem nowej dyrektywy jest uproszczenie tego procesu i zmniejszenie obciążeń administracyjnych poprzez wprowadzenie procedury elektronicznej, w myśl której podatnik składa wspólny wniosek o zwrot VAT w państwie członkowskim, w którym ma on siedzibę.  Niektóre portale krajowe otworzono z dużym opóźnieniem (ostatni w połowie maja) a wielu przedsiębiorców skarży się na techniczne różnice w funkcjonowaniu portali w poszczególnych państwach członkowskich. Komisja podjęła już kilka inicjatyw zmierzających do uzgodnienia z państwami członkowskimi ulepszeń w tej dziedzinie. W dyrektywie przewidziano jednak, że zaprojektowanie portali krajowych jest wyłącznym obowiązkiem państw członkowskich. Komisja ponagla je więc usilnie, aby jak najszybciej w pełni uruchomiły swoje portale, co pozwoliłoby zminimalizować negatywny wpływ opóźnień na przedsiębiorców.