Projekt nowelizacji ustawy o podatku od towarów i usług wprowadza instytucję tzw. kaucji rejestracyjnej, do której składania będą zobowiązane niektóre podmioty rejestrujące się jako podatnicy VAT i której złożenie będzie warunkiem dokonania rejestracji przez organ podatkowy. Rozwiązanie to ma dotyczyć podmiotów, co do których istnieje ryzyko wystąpienia zaległości podatkowych. Ryzyko to będzie oceniane przez naczelnika urzędu skarbowego dokonującego rejestracji podmiotu. Wysokość kaucji będzie mieścić się w przedziale od 20 000 zł do 200 000 zł. Kwota kaucji rejestracyjnej może zostać powiększona o kwotę zaległości w podatkach jakie będą ciążyły na podmiocie składającym zgłoszenie rejestracyjne.
Zdaniem Arkadiusza Łagowskiego, doradcy podatkowego, członka Rady Podatkowej Konfederacji Lewiatan wprowadzenie kaucji rejestracyjnej, od której naczelnik urzędu skarbowego będzie mógł uzależnić rejestrację podmiotu, zawiera zbyt szeroki katalog sytuacji, kiedy kaucja będzie wymagalna. Obowiązek zapłaty kaucji rejestracyjnej dotyczyć będzie podatników, u których zaległości podatkowe przekroczyły 20 000 zł. Projektowane ograniczenia mają w założeniu wyeliminować z obrotu podmioty powstałe nie w celu dokonywania nadużyć. W praktyce kaucja będzie najbardziej uciążliwa dla podmiotów faktycznie prowadzących działalność, gdyż tzw. „słupy", bardzo łatwo można utworzyć w taki sposób, aby nie wykazywały zaległości podatkowych. Możliwe jest także nabycie podmiotów zarejestrowanych i wypełniających wszystkie obowiązki sprawozdawcze.
Ograniczenie ma objąć także podatników, którzy weszli z organami skarbowymi w spór sądowy. Pomimo złożenia do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego skargi na decyzję określającą zobowiązanie podatkowe, decyzja taka jest prawomocna i jeżeli określa zobowiązanie podatkowe przekraczające 20 000 zł, to taki podatnik lub osoby nim zarządzające, chcąc zarejestrować inny podmiot, mogą zostać zobowiązane do złożenia kaucji rejestracyjnej. Dolny próg kaucji jest zdaniem Lewiatana zbyt wysoki i może stanowić barierę w zakładaniu i prowadzeniu działalności gospodarczej.
Ponadto nie ma podstaw, by oprocentowanie przy zwrocie kaucji wynosiło jedynie 30 proc. stopy depozytowej, ustalanej zgodnie z przepisami o NBP. Zwrot obciążającej podatników kwoty nie będzie obejmował wypłaty odsetek nawet w wysokości równej oprocentowaniu jednodniowych depozytów w NBP, co nadaje kaucji, której funkcją ma być zabezpieczenie należności, charakter sankcji. Podatnik przestrzegający przepisów prawa ponosił będzie obciążenie wynikające z konieczności zamrożenia środków przeznaczonych na kaucję pomimo braku uszczuplenia należności wobec budżetu państwa. Dlatego zdaniem Rady Podatkowej Lewiatana zasadna jest zmiana brzmienia projektowanego przepisu, tak, aby zrównać oprocentowanie zwracanej podatnikom kaucji rejestracyjnej ze stopą referencyjną ustalaną zgodnie z przepisami o NBP (1,5 proc.).
