Przedsiębiorcy realizujący na rzecz Skarbu Państwa prace w ramach Programu Ochrony Brzegów Morskich mają poważny problem z rozliczeniem podatku od towarów i usług, gdyż organy skarbowe kwestionują zerową stawkę przewidzianą w myśl art. 83 ust. 1 pkt 11 ustawy o VAT dla usług związanych z ochroną środowiska morskiego i żądają od przedsiębiorców opodatkowania tych usług wstecz według stawki 22 proc.-23 proc.
Organy administracji skarbowej stoją na stanowisku, iż w zakres pojęcia usług związanych z ochroną środowiska morskiego nie wchodzą usługi wykonywane w ramach realizowania inwestycji z tego programu rządowego. Ignorują apele i oświadczenia przedstawicieli Ministerstwa Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej, Ministerstwa Środowiska, organów administracji morskiej czy przedstawicieli świata nauki, którzy nie mają najmniejszych wątpliwości, iż wykonywane prace miały oczywisty związek z ochroną środowiska morskiego. Przez ponad 15 lat wątpliwości takich nie zgłaszały również organy podatkowe i skarbowe.
Skandaliczne w sprawie jest zdaniem Pracodawców RP nie tylko podejście organów skarbowych, które lekceważą stanowiska właściwych, co do oceny związku wykonywanych prac z ochroną środowiska morskiego organów ale przede wszystkim to, że to właśnie państwo wymusiło na przedsiębiorcach stosowanie stawki 0 proc. Urzędy Morskie, które ogłaszały przetargi na te prace, mając na uwadze przepisy ustawy o VAT, twierdziły, że należy zastosować stawkę w wysokości 0 proc., odrzucając z góry jako nieprawidłowe oferty podmiotów, które przystępując do przetargu stosowały stawkę 22/23 proc.
W związku z tym Pracodawcy RP zaapelowali do premier Szydło i do ministra finansów Szałamachy o uważne przyjrzenie się, w jaki sposób działa polska administracja skarbowa i jakie skutki dla przedsiębiorczości może spowodować.