Zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika jest wyrażona w art. 2a Ordynacji podatkowej i obowiązuje od 1 stycznia 2016 r. Przepis ten stanowi, że niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego rozstrzyga się na korzyść podatnika. Na korzyść podatnika rozstrzygane są tylko takie wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego, których nie da się usunąć. Rozstrzyganie spraw przez organy podatkowe następuje w drodze aktów władczych, jakimi są decyzje (postanowienia). Dotyczy to analogicznie interpretacji przepisów prawa podatkowego.
Jak poinformował MF, z informacji przekazanych przez podległe organy wynika, że tylko w nielicznych przypadkach natrafiono na niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego. W urzędach i izbach skarbowych odnotowano 13 przypadków zastosowania zasady wyrażonej w art. 2a Ordynacji podatkowej w wydanych decyzjach. W podległych jednostkach Służby Celnej wystąpiły 4 takie przypadki. Podobnie kształtowały się przypadki wystąpienia okoliczności wymagających dokonywania rozstrzygnięć z zastosowaniem przedmiotowej klauzuli w urzędach kontroli skarbowej (kilka w skali kraju).
Z kolei organy upoważnione do wydawania indywidualnych interpretacji przepisów prawa podatkowego nie zastosowały dotychczas w żadnej z interpretacji powyższej zasady.
