W przedmiotowej sprawie fiskus wszczął w 2009 r. postępowanie podatkowe w sprawie określenia wysokości straty poniesionej przez podatnika z działalności gospodarczej w 2003 r. Postępowanie zostało zakończone w 2011 r. wydaniem decyzji określającej wysokość straty w kwocie niższej od kwoty wykazanej przez podatnika w zeznaniu.
Zdaniem podatnika decyzja fiskusa wydana została po upływie terminu do rozliczenia straty za 2003 r., który zdaniem strony upłynął 31 grudnia 2008 r.
Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Sąd wskazał jednak, że prawo do wydania decyzji określającej wysokość straty, o której mowa w art. 24 ordynacji podatkowej (o.p.), nie ulega przedawnieniu w rozumieniu art. 70 § 1 o.p., gdyż nie dotyczy zobowiązania podatkowego, co jednak nie oznacza, że nie jest ograniczone w czasie. Ograniczenie to wynika wyłącznie z funkcji, jaką dla ustalenia prawnopodatkowego stanu faktycznego odgrywa wysokość straty poniesionej przez podatnika w latach poprzednich. Decyzja określająca stratę na podstawie art. 24 o.p. może zostać wydana tak długo, jak długo możliwa jest weryfikacja deklaracji za rok podatkowy, w którym strata ta została odliczona.
Jeżeli zatem odliczenie straty od dochodu możliwe jest w ciągu kolejnych 5 lat podatkowych (art. 7 ust. 5 ustawy o CIT lub w art. 9 ust. 3 ustawy o PIT) – to organy podatkowe mogą określić wysokość straty w takim terminie, w jakim są uprawnione do określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym. Zasadniczo będzie to więc pięć lat po upływie roku kalendarzowego, w którym upłynął pięcioletni okres przedawnienia zobowiązania podatkowego, w określeniu wysokości którego uwzględniona została wartość odliczonej straty. Termin do wydania decyzji określającej stratę rozpocznie swój bieg od początku terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, którego wysokość została określona przy uwzględnieniu odliczonej straty podatkowej. Jeżeli natomiast w terminach z art. 9 ust. 3 ustawy o PIT lub 7 ust. 5 ustawy o CIT podatnik nie odliczył straty, prawo do wydania decyzji określającej wysokość straty podatkowej nie będzie czasowo ograniczone, ponieważ nieodliczona strata nie miała w takim przypadku wpływu na jakiekolwiek mogące podlegać przedawnieniu zobowiązanie podatkowe.
Wyrok NSA z 3 września 2013 r., II FSK 2208/12