Obowiązek przekazywania plików JPK_VAT, dotyczy osób prawnych, jednostek organizacyjnych niemających osobowości prawnej oraz osób fizycznych, prowadzących księgi podatkowe przy użyciu programów komputerowych. Realizacja tego obowiązku powinna nastąpić za pomocą środków komunikacji elektronicznej, w postaci elektronicznej odpowiadającej strukturze logicznej, o której mowa w art. 193a § 2 Ordynacji podatkowej, na zasadach dotyczących przesyłania ksiąg podatkowych lub ich części określonych w przepisach wydanych na podstawie art. 193a § 3, za okresy miesięczne w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po każdym kolejnym miesiącu, wskazując miesiąc, którego ta informacja dotyczy. Za styczeń 2017 r. termin przesłania pliku JPK_VAT upływa 27 lutego 2017 r.
Duże firmy składają JPK_VAT już od lipca 2016 r. Od 2017 r. obowiązek ten dotyczy także małych i średnich przedsiębiorców. Natomiast mikroprzedsiębiorcy będą nim objęci dopiero od 1 stycznia 2018 r. Aktualnie do przekazywania plików JPK_VAT zobowiązani są więc przedsiębiorcy, którzy w co najmniej jednym z dwóch ostatnich lat obrotowych zatrudniali średniorocznie 10 lub więcej pracowników oraz osiągnęli roczny obrót netto ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług oraz operacji finansowych w wysokości co najmniej równowartości w złotych 2 milionów euro, lub sumy aktywów ich bilansu sporządzonego na koniec jednego z tych lat osiągnęły co najmniej równowartość w złotych 2 milionów euro.
W celu ułatwienia małym oraz średnim przedsiębiorcom wykonania obowiązku została przygotowana bezpłatna aplikacja ze wszystkimi funkcjami niezbędnymi do złożenia JPK. Na stronach Kontroli Skarbowej i Administracji Podatkowej są dostępne struktury logiczne postaci elektronicznej ksiąg podatkowych oraz dowodów księgowych dotyczące Jednolitego Pliku Kontrolnego.
Jak przypomniał resort finansów, niedopełnienie obowiązku złożenia pliku JPK_VAT w terminie do 25 dnia miesiąca następującego po każdym kolejnym miesiącu, może zostać potraktowane jako naruszenie obowiązków podatkowych i skutkować podjęciem przez właściwy urząd skarbowy czynności wyjaśniających oraz zainicjowaniem procedur przewidzianych w Kodeksie karnym skarbowym.