Obowiązująca w polskim systemie podatkowym ustawa o podatku tonażowym umożliwia armatorom wybór podatku tonażowego jako formy opodatkowania w miejsce podatku dochodowego od osób fizycznych lub podatku dochodowego od osób prawnych.
Podatek tonażowy jako forma pomocy publicznej państwa został uznany przez Komisję Europejską za zgodny z wewnętrznym rynkiem UE, aczkolwiek decyzją Komisji C 34/07 wymagane jest wprowadzenie zmian w przepisach.
Zgodnie z decyzją Komisji w projekcie przewidziano następujące zmiany:
- armator, który jest osobą fizyczną lub osobą fizyczną będącą wspólnikiem spółki osobowej nie może odliczać od wysokości podatku tonażowego kwoty składek na ubezpieczenie zdrowotne uiszczane w trakcie danego roku podatkowego oraz kwoty składek na ubezpieczenie społeczne od podstawy opodatkowania podatkiem tonażowym uiszczanych w trakcie danego roku podatkowego,
- wykonywanie prac przez holowniki i pogłębiarki może zostać objęte podatkiem tonażowym w przypadku zastosowania kryterium czasu pracy w transporcie morskim w danym roku podatkowym,
- przedsiębiorca zarządzający z terytorium państwa członkowskiego UE cudzym statkiem, w cudzym imieniu i na cudzą rzecz, na podstawie umowy, posiadający ważny Dokument Zgodności, obowiązany jest zapewnić, aby większość osób zatrudnionych przez niego na lądzie lub na statkach stanowili obywatele państw członkowskich UE,
- przedsiębiorstwo objęte podatkiem tonażowym powinno podlegać tego rodzaju opodatkowaniu przez okres 10 lat.
Projekt przewiduje zastąpienie pojęcia armatora pojęciem przedsiębiorcy żeglugowego, co wynika przede wszystkim z potrzeby zachowania spójności definicji stosowanych w ramach polskiego prawa morskiego.
Warto dodać, że od sierpnia 2013 r. będzie obowiązywała Konwencja MLC z 2006 r., która reguluje standardy pracy marynarzy. Przepisy Konwencji przewidują, że armatorzy-podatnicy podatku tonażowego składają oświadczenie o wyborze tego podatku lub dobrowolną deklarację. Złożenie deklaracji gwarantuje podatnikowi możliwość rozliczania się w tej formie z prowadzonej działalności gospodarczej przez okres kolejnych 10 lat.