Istota sporu sprowadza się do tego, w jaki sposób podatnik powinien rozliczać podatek naliczony związany z zakupami służącymi zarówno czynnościom opodatkowanym, zwolnionym z opodatkowania, jak i czynnościom niepodlegającym przepisom ustawy o VAT, a jednocześnie nie jest możliwe wyodrębnienie zakupów, które związane są wyłącznie z działalnością opodatkowaną.
Zdaniem organu podatkowego, gdy zakupu nie można jednoznacznie przypisać do określonego rodzaju działalności (opodatkowanej, zwolnionej lub niepodlegającej opodatkowaniu), to podatnik nie może odliczyć podatku naliczonego w pełnym zakresie, lecz jedynie w takiej części, w jakiej wiążą się ze sprzedażą opodatkowaną. Według organu podatnik winien w momencie nabycia towarów i usług dokonać ich kwalifikacji do określonych rodzajów sprzedaży, z którymi zakupy te są związane, a współczynnik wyliczony na podstawie art. 90 ust. 2 i 3 ustawy o VAT może być odniesiony tylko do podatku naliczonego od zakupów przypisanych czynnościom podlegającym opodatkowaniu. Jeżeli zaś podatnik nie jest w stanie przyporządkować zakupów do określonego rodzaju działalności nie przysługuje mu w tym zakresie prawo do odliczenia podatku naliczonego.
WSA nie podzielił tego stanowiska i wskazał, że wartość czynności niepodlegających w ogóle opodatkowaniu, nie wchodzi do sumy wartości obrotów ustalanych dla potrzeb liczenia proporcji sprzedaży. Brak jest bowiem podstaw do pozbawiania podatnika w ogóle możliwości odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych jednocześnie z czynnościami opodatkowanymi i nieopodatkowanymi.
W sytuacji więc, gdy dokonywane zakupy dotyczą zarówno czynności opodatkowanych, zwolnionych z opodatkowania, jak i nieobjętych w ogóle przepisami ustawy o podatku od towarów i usług, a jednocześnie nie da się przyporządkować kwot podatku naliczonego wyłącznie do jednej z tych kategorii, wówczas proporcję obliczoną na podstawie art. 90 ust. 2 i 3 ustawy o VAT należy odnieść do całości podatku naliczonego wynikającego z tych zakupów.
Wyrok WSA w Białymstoku z 26 września 2012 r., I SA/Bk 245/12