Odpowiedź:
Do kwoty obciążającej pracownika kosztami użytkowania pojazdu spółka powinna doliczyć VAT. Dotyczy to także obciążających pracownika kosztami zużytego przez niego na cele prywatne paliwa.
Uzasadnienie:
Udostępnianie pracownikowi na cele prywatne samochodu służbowego, w tym zapewnienie potrzebnego do odbycia przejazdów prywatnych pracownika paliwa, to typowe odpłatne świadczenie usług, o którym mowa w art. 8 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054, z późn. zm.) – dalej u.p.t.u. Jeżeli zaś usługi te świadczy czynny podatnik podatku od towarów i usług, to powinien on je opodatkować VAT. Do kwoty zatem obciążającej pracownika kosztami użytkowania pojazdu, w tym kosztami nabytego przez spółkę i zużytego przez pracownika do celów prywatnych paliwa,  spółka powinna doliczyć VAT.
Jeżeli spółka udokumentuje ww. czynności fakturą, to oczywiście faktura taka powinna opiewać na sumę kwoty, jaką spółka pobiera od pracownika za użytkowanie przez niego służbowego samochodu i kwoty należnej za zużyte paliwo. Należy jedynie pamiętać, że dokumentowanie fakturą usług świadczonych na rzecz pracowników (osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej), nie jest obowiązkowe (wniosek z art. 106b ust. 1 pkt 1 i ust. 3 pkt 1 u.p.t.u.). Fakt, że spółka nie odlicza podatku VAT od paliwa nie ma w tej sytuacji znaczenia. Znaczenia nie ma tu również fakt, że VAT naliczony zawarty w pozostałych wydatkach eksploatacyjnych dotyczących danego podatku, spółka odlicza jedynie w 50%.  
Krzysztof Kamiński, autor współpracuje z publikacją Vademecum Głównego Księgowego 
Odpowiedzi udzielono 30 stycznia 2015 r.