To bardzo kontrowersyjne rozstrzygnięcie będzie miało niekorzystne następstwa zarówno dla pracowników jak i dla pracodawców (jako płatników), przy czym w dalszym ciągu nie jesteśmy w stanie w pełni ocenić ich skutki. W szczególności nie znamy jeszcze ostatecznej taktyki jaką zastosują organy podatkowe. Nie wiemy jakie będą wyroki NSA w kolejnych podobnych sprawach, w szczególności, czy NSA rozpoznający w niedalekiej przyszłości tego rodzaju sprawę – nie podzielając stanowiska zajętego w przedmiotowej uchwale – nie przedstawi „spornego” zagadnienia prawnego do rozstrzygnięcia przez całą Izbę Finansową NSA (działać na podstawie art. 269 § 1 i 2 ustawy z 30.08.2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi).

W przypadku pracodawców, którzy uzyskali wcześniej korzystne dla siebie interpretacje indywidualne muszą oni zdawać sobie sprawę z zagrożenia, które wynika dla nich z przepisu ordynacji podatkowej, który nakłada na nich obowiązek wyczerpującego przedstawienia we wniosku o wydanie interpretacji stanu faktycznego sprawy. Organ podatkowy może podważać przydatność tej interpretacji z uwagi na zaistniała w międzyczasie zmianę okoliczności faktycznych (przykładowo zmianę treści umowy pomiędzy pracodawcą w placówką medyczną).

Pracodawcy mogą jednak powoływać się przed urzędem skarbowym czy izbą skarbową na zasadę działania w zaufaniu do organów podatkowych. Co więcej mogą wnieść skargę do sądu administracyjnego na decyzję organu podatkowego określającą wysokość zaległości podatkowej płatnika. Jeśli idzie o firmy, które dopiero zamierzają zawrzeć tego rodzaju umowy, to powinny one określić w umowie wartość świadczeń medycznych, z których będzie mógł skorzystać dany pracownik (świadczeń przypadających na każdego uprawnionego pracownika).