Za rozliczanie należności celnych i podatkowych dokonywanych przez przedsiębiorców, podatników, agencje celne i osoby fizyczne odpowiada Izba Celna w Krakowie. Centrum Rozliczeń mieści się w dwóch lokalizacjach - w Nowym Targu i w Krakowie i jest czynne od poniedziałku do piątku w godz. od 7:00 do 15:00. W tym samym czasie dostępna jest infolinia w zakresie rozliczeń - nr (18) 261 31 00.
W Nowym Targu funkcjonują następujące komórki organizacyjne:
- Wydział Obsługi Klienta w Zakresie Rozliczeń, który realizuje zadania centralne związane z udzielaniem ogólnopolskiej informacji dla klientów w obszarze rozliczeń należności celnych, podatkowych i innych należności, których pobór należy do właściwości organów Służby Celnej,
- Wydział Rozliczeń Ceł i Podatków od Towarów Importowanych oraz Innych Dochodów,
- Wydział Rozliczeń Podatków Krajowych,
- Wydział Rachunkowości i Sprawozdawczości.
Natomiast w Krakowie zlokalizowany jest Wydział Rozliczeń Zabezpieczeń i Sum Depozytowych.