Obydwie ustawy dotyczące Krajowej Administracji Skarbowej były procedowane w parlamencie jednocześnie z ustawą o VAT i ustawą o ruchu drogowym i nie było możliwości uzgodnienia ich treści. Dotyczy to w szczególności znowelizowanej ustawy o VAT, uchwalonej 1 grudnia 2016 r., w której zawarto dodatkowe rozwiązania mające na celu poprawę ściągalności podatku od towarów i usług (tzw. pakiet rozwiązań uszczelniających). Podobna sytuacja dotyczyła ustawy Prawo o ruchu drogowym. Dodatkowo, zharmonizowano niektóre przepisy ustawy o służbie cywilnej z regulacjami ustawy o KAS.
Ponadto, do projektu nowelizacji ustawowej dodano regulacje usprawniające tworzenie Krajowej Administracji Skarbowej i usuwające wątpliwości w stosowaniu niektórych przepisów. Chodzi np. o powołanie osób kierujących organami KAS jeszcze przed 1 marca 2017 r. oraz doprecyzowanie przepisów przejściowych dotyczących wszczętych i niezakończonych postępowań przez organy kontroli skarbowej.
