Na skutek nowelizacji z 22 czerwca 2016 r., która zmienia brzmienia art. 98 ust. 2 ustawy Prawo celne, utraciło moc rozporządzenie ministra finansów z 3 listopada 2010 r. w sprawie zgłoszeń INTRASTAT. Tym samym koniecznym stało się wydanie nowego rozporządzenia regulującego kompleksowo całość zagadnień z tego zakresu.
W rozporządzeniu część regulacji została przeniesiona wprost z dotychczas obowiązującego rozporządzenia, część zaś została dostosowana lub uzupełniona w związku ze zmianą przepisów ustawy Prawo celne. Najwięcej zmian w stosunku do przepisów obowiązujących dotychczas wynika z rezygnacji z papierowej postaci zgłoszenia INTRASTAT.
Zgodnie z postanowieniami art. 97 pkt 1 ustawy Prawo celne zgłoszenie INTRASTAT i korekta zgłoszenia INTRASTAT będzie dokonywana w postaci elektronicznej. Tym samym konieczną stała się zmiana przepisów rozporządzenia w taki sposób, by regulowały one zasady dokonywania zgłoszeń elektronicznych. Zrezygnowano również z określonych w obecnie obowiązujących przepisach wzorów deklaracji, gdyż w ramach komunikacji elektronicznej przewiduje się wyłącznie obsługę komunikatów XML.
Nowe regulacje umożliwiają ponadto dokonywanie zgłoszeń INTRASTAT w imieniu osób zobowiązanych przez przedstawicieli ustanawianych na zasadach obowiązujących przy dokonywaniu zgłoszeń celnych. Wprowadzony zostanie też obowiązek podawania nowej danej - numeru identyfikacyjnego VAT kontrahenta w przypadku zgłoszenia INTRASTAT w wywozie, co przyczyni się do pełniejszej informacji o wewnątrzunijnych obrotach towarowych.
Rozporządzenie ministra rozwoju i finansów z 15 listopada 2016 r. w sprawie zgłoszeń INTRASTAT (Dz. U. poz. 1865) weszło w życie 21 listopada 2016 r.
