Sprawa dotyczyła podatnika, który w deklaracji VAT-7 wykazał nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu. Po uprzednim przeprowadzeniu działań weryfikacyjnych zasadność zwrotu podatku w trybie czynności sprawdzających Naczelnik Urzędu Skarbowego wszczął kontrolę podatkową. Jednocześnie przedłużył termin dokonania zwrotu podatku do czasu zakończenia kontroli podatkowej. Naczelnik Urzędu Skarbowego jeszcze kilkukrotnie wyznaczał nowy termin zakończenia kontroli podatkowej. Podatnik złożył więc do Dyrektora Izby Skarbowej ponaglenie, które jednak ten uznał za bezzasadne.
Podatnik wniósł więc do WSA w Lublinie skargę na przewlekłe prowadzenie kontroli podatkowej. Ten jednak skargę odrzucił uzasadniając, że protokół kontroli podatkowej, jako dokument, sporządzenie którego kończy ten tryb postępowania, nie ma charakteru aktów wymienionych w art. 3 § 2 pkt 9 ustawy - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (dalej p.p.s.a.), tj. dotyczących uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa. Protokół kontroli nie przyznaje bowiem, nie stwierdza, ani nie uznaje żadnych uprawnień i obowiązków, a jedynie dokumentuje przebieg kontroli podatkowej. Skoro zatem w okolicznościach rozpoznawanej sprawy protokół kontroli nie jest aktem ani czynnością, o których mowa w powołanym przepisie, to tym samym nie można było uznać za dopuszczalną skargę na przewlekłość postępowania organu w opisanym trybie.
Na gruncie art. 3 § 2 pkt 9 p.p.s.a. powstał więc spór co do tego, czy zakres właściwości rzeczowej sądu administracyjnego obejmuje skargę na przewlekłość kontroli podatkowej prowadzonej przez organ podatkowy.
Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Zdaniem sądu kasacyjnego podatnik ma rację. Sąd kasacyjny podkreślił, iż przedmiotem skargi w rozpoznawanej sprawie nie jest protokół kontroli podatkowej (jako akt administracyjny), ale kontrola podatkowa jako tryb postępowania w ogólności (zespół czynności procesowych). Rozważania WSA nie do końca zdaniem NSA odnoszą się do przedmiotu sprawy. Według NSA skoro ustawodawca w art. 3 § 2 pkt 9 p.p.s.a. ustanowił dopuszczalność zaskarżenia opieszałości organu w sprawach dotyczących - innych niż decyzje (określone postanowienia, czy indywidualne interpretacje przepisów prawa) - aktów lub czynności z zakresu administracji publicznej podejmowanych w toku różnych postępowań uregulowanych w Ordynacji podatkowej, to przepis ten interpretowany w zgodzie z zasadami konstytucyjnymi oraz zasadą rozstrzygania wątpliwości na korzyść skarżącego należy odczytywać w ten sposób, że umożliwia on wniesienie do sądu administracyjnego skargi na przewlekłe prowadzenie kontroli podatkowej. Tylko w takiej sytuacji prawo obywatela (podatnika) do skontrolowania działalności organu administracji publicznej przez sąd administracyjny będzie mogło zostać zrealizowane.
Postanowienie NSA z 24 listopada 2016 r., I FSK 1360/16
