Z uwagi na zmianę sposobu rozliczania podatku VAT przez samorządy i utworzone przez nie jednostki organizacyjne i obowiązkowej od 1 stycznia 2017 r. centralizacji rozliczeń zaszła konieczność wprowadzenia zmian w rozporządzeniu ministra finansów z 20 grudnia 2013 r. w sprawie zwolnień od podatku od towarów i usług oraz warunków stosowania tych zwolnień.
Zwolnienie z VAT stało się bezprzedmiotowe
Centralizacja rozliczeń VAT zmienia sposób rozliczania podatku VAT w jednostkach samorządu terytorialnego oraz utworzonych przez nie jednostkach budżetowych i zakładach budżetowych. Jednostki samorządu terytorialnego, których jednostki organizacyjne rozliczały VAT jako odrębni podatnicy, wstąpią we wszystkie prawa i obowiązki swoich jednostek. Na centralizację rozliczeń VAT jednostki musiały przejść najpóźniej 1 stycznia 2017 r. Po centralizacji rozliczeń samorządowe jednostki budżetowe, jak i samorządowe zakłady budżetowe nie posiadają już statusu podatnika podatku VAT odrębnego od jednostki organizacyjnej, która je utworzyła. Usługi świadczone pomiędzy nimi, jako czynności o charakterze wewnętrznym, nie podlegają już opodatkowaniu podatkiem VAT. Tym samym przepis rozporządzenia w zakresie zwolnienia od podatku VAT usług świadczonych pomiędzy jednostkami organizacyjnymi tej samej JST jest bezprzedmiotowy i dlatego został uchylony.
Zobacz: Rewolucja w rozliczeniach VAT przez samorządy >>
Nowelizacja rozporządzenia przewiduje jednak możliwość korzystania w dalszym ciągu ze zwolnienia od podatku VAT w przypadku usług świadczonych pomiędzy państwowymi jednostkami budżetowymi nie dłużej jednak niż do 31 marca 2017 r., z wyjątkiem usług komunikacji miejskiej oraz usług wymienionych w poz. 140–153, 174 i 175 załącznika nr 3 do ustawy o VAT.
Rozporządzenie ministra rozwoju i finansów z 27 grudnia 2016 r. zmieniające rozporządzenie w sprawie zwolnień od podatku od towarów i usług oraz warunków stosowania tych zwolnień (Dz. U. poz. 2302) weszło w życie 1 stycznia 2017 r.