Mechanizm ulgi polega na tym, że podstawę opodatkowania PIT lub CIT pomniejsza się o koszty, które zostały zaliczone do kosztów uzyskania przychodów i dotyczyły w szczególności:
- wynagrodzeń pracowników i wypłat z tytułu umów zlecenia w części związanej z działalnością badawczo-rozwojową,
- ekspertyz, opinii, usług doradczych i usług równorzędnych, świadczonych lub wykonywanych na podstawie umowy przez jednostkę naukową, 
- odpłatnego korzystania z aparatury naukowo-badawczej wykorzystywanej wyłącznie w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej,
- określonych kosztów uzyskania i utrzymania patentu, prawa ochronnego na wzór użytkowy lub prawa z rejestracji wzoru przemysłowego.

Za koszty kwalifikowane uznaje się także odpisy amortyzacyjne od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych wykorzystywanych w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, z wyłączeniem m.in. samochodów osobowych.

Ewidencja i odliczenie kosztów
Podatnicy, którzy zamierzają skorzystać z ulgi, są obowiązani w prowadzonej ewidencji wyodrębnić koszty działalności B+R. Kwota podlegająca odliczeniu nie może natomiast przekroczyć 100 lub 150 proc. kosztów kwalifikowanych. Odliczenia dokonuje się w zeznaniu za rok podatkowy, w którym poniesiono koszty kwalifikowane. Podatnicy są obowiązani wykazać w zeznaniu koszty kwalifikowane podlegające odliczeniu.
 
Problematyczne korzystanie z ulgi
Zasady korzystania z ulgi na badania i rozwój potwierdza Izabela Rutkowska, doradca podatkowy, prowadząca własną kancelarię prawną. Eksperta wskazuje, że od 2018 r. z ulgi B+R mogą skorzystać wszyscy przedsiębiorcy, odliczając do 100 proc. kosztów kwalifikowanych. Wyższy limit, bo 150 proc. kosztów, ma zastosowanie do podatników prowadzących centra badawczo-rozwojowe. Z jej obserwacji wynika jednak, że przedsiębiorcy zwykle nie mają świadomości istnienia ulgi, skutkuje to tym, że nawet jeśli ponoszą koszty, które mogliby odliczyć w ramach ulgi B+R, to tego nie robią.

Mankamenty w przepisach dotyczących ulgi na badania i rozwój dostrzega również Rafał Ciołek, doradca podatkowy, partner w KPMG. Jego zdaniem problematyczny jest kosztowy mechanizm ulgi. Ulga, mimo że w założeniu ma być prorozwojowa, promuje ponoszenie kosztów. Powinna zostać zmodyfikowana w taki sposób, żeby nagradzać wytworzone innowacje i związane z tym przychody, a nie skupiać się na kosztach.

Więcej na temat ulgi B+R czytaj w analizie Prace badawczo-rozwojowe - podatki dochodowe>>

Zmiany w podatkach dochodowych 2017/2018 Radosław KowalskiZmiany w podatkach dochodowych 2017/2018 >>