Przekazania kwot 1 proc. podatku na rzecz organizacji pożytku publicznego dokonuje naczelnik urzędu skarbowego właściwy miejscowo dla złożenia zeznania podatkowego. Przekazanie następuje na podstawie wniosku, za który uważa się wskazanie przez podatnika:
1) w zeznaniu podatkowym złożonym w terminie określonym dla jego złożenia albo
2) w korekcie zeznania, jeżeli została dokonana w ciągu miesiąca od upływu terminu dla złożenia zeznania podatkowego, jednej organizacji pożytku publicznego poprzez podanie jej numeru wpisu do Krajowego Rejestru Sądowego oraz kwoty do przekazania na jej rzecz, w wysokości nieprzekraczającej 1 proc. podatku należnego (po zaokrągleniu do pełnych dziesiątek groszy w dół).
W przypadku gdy wskazania organizacji pożytku publicznego podatnik dokonał w zeznaniu podatkowym złożonym po upływie terminu określonego dla jego złożenia, bądź w korekcie nieterminowo złożonego zeznania podatkowego lub w korekcie zeznania złożonej po upływie miesiąca od upływu terminu określonego dla złożenia zeznania podatkowego 1 proc. nie będzie przekazany.
Minister finansów w odpowiedzi na interpelację nr 20788/13 wyjaśnił, że w każdym z tych przypadków działania urzędów skarbowych odmawiające możliwości przekazania kwoty 1 proc. podatku dochodowego na rzecz organizacji pożytku publicznego są uzasadnione prawnie.