Spór dotyczył braku możliwości poddania kontroli sądowoadministracyjnej rozstrzygnięcia w przedmiocie sprzeciwu wniesionego przez przedsiębiorcę na czynności kontrolne prowadzone u niego przez uprawniony do tego organ władzy publicznej w trybie przepisów o swobodzie działalności gospodarczej. Chodziło o przekroczenie czasu trwania kontroli. Naczelnik urzędu skarbowego wydał postanowienie o kontynuowaniu czynności kontrolnych. Spółka wniosła sprzeciw. Dyrektor izby skarbowej natomiast, rozpoznając zażalenie na postanowienie organu I instancji, uchylił to postanowienie stwierdzając niedopuszczalność środka zaskarżenia w postaci sprzeciwu. Od tego postanowienia spółka wniosła skargę do wojewódzkiego sądu administracyjnego występując o jego uchylenie. WSA odrzucił jednak skargę jako niedopuszczalną, odwołując się przy tym do uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 stycznia 2014 r. (II GPS 3/13). Sąd wskazał, że postępowanie regulowane w art. 84c ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, dotyczące składania sprzeciwów, nie jest postępowaniem administracyjnym. Skarga kasacyjna wniesiona do NSA również została oddalona z tego powodu.

Niezgodność z Konstytucją RP
20 grudnia 2017 r. Trybunał Konstytucyjny w wyroku SK 37/15 orzekł, że art. 3 § 2 pkt 2 ustawy – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, rozumiany jako wyłączający możliwość wniesienia skargi do sądu administracyjnego na postanowienie w przedmiocie zażalenia na postanowienie wydane wskutek wniesienia sprzeciwu, o którym mowa w art. 84c ust. 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, jest niezgodny z art. 45 ust. 1 i art. 77 ust. 2 Konstytucji RP.
 
Zdaniem TK wszczęcie postępowania kontrolnego w trybie przepisów zawartych w rozdziale 5 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej niewątpliwie stanowi przejaw władczego działania (ingerencji) organów władzy publicznej wobec jednostki. Końcowy wynik postępowania kontrolnego (tj. sporządzenie protokołu kontroli i wnioski w nim zawarte) jednostronnie kształtuje bowiem sytuację prawną kontrolowanego przedsiębiorcy, tzn. skutkuje tym, czy zostanie wobec niego wszczęte stosowne postępowanie administracyjne (podatkowe). Trybunał podkreślił, że treść postanowień wydawanych na podstawie art. 84c ustawy nie jest adresowana wyłącznie do organu kontroli, ale ich adresatem jest również kontrolowany przedsiębiorca, który skorzystał z przepisanych środków prawnych w przedmiocie zakwestionowania podjętych (prowadzonych) wobec niego czynności kontrolnych. Postanowienia wydane w następstwie wniesienia sprzeciwu przez przedsiębiorcę (niezależnie od ich treści) nie mają charakteru aktów wydawanych w sferze wewnętrznej administracji, co wynika właśnie z możliwości ich zaskarżenia w formie zażalenia.

Prawo do sądu
W ocenie Trybunału przedmiot postępowania wywołanego sprzeciwem ma charakter „sprawy” w rozumieniu art. 45 ust. 1 Konstytucji. Tym samym interpretacja art. 3 § 2 pkt 2 ustawy - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi wyłączająca kontrolę rozstrzygnięć organów administracji publicznej, wydanych w następstwie sprzeciwu kontrolowanego przedsiębiorcy, sprawowaną przez niezależny sąd administracyjny, podważa konstytucyjne prawo do sądu i jest sprzeczna z konstytucyjnym zakazem zamykania drogi sądowej. Podstawowym prawem jednostki jest bowiem możliwość weryfikacji wydanych wobec niej rozstrzygnięć organów administracyjnych (bez względu na ich rodzaj) przez podmiot niezwiązany z nimi strukturalnie (organizacyjnie), którym jest sąd administracyjny.