Uprawnienia organów podatkowych mają być nadane Szefom: Agencji Wywiadu, Agencji Bezpieczeństwa Wewnetrznego, Centralnego Biura Antykorupcyjnego, Kontrwywiadu Wojskowego i Służby Wywiadu Wojskowego w odniesieniu do uzyskanych od tych organów przychodów ze stosunku służbowego, stosunku pracy lub z działalności wykonywanej osobiście podlegających opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych na ogólnych zasadach tj. przy zastosowaniu skali podatkowej.
Nadawane uprawnienia obejmują uprawnienia naczelnika urzędu skarbowego oraz dyrektora izby skarbowej opisane przedmiotowo w projektowanym rozporzadzeniu. Szefowie służb specjalnych uzyskają m.in. prawo do weryfikacji prawidłowości rozliczeń w ramach postępowania podatkowego (w tym czynności sprawdzających, kontroli podatkowej oraz trybów nadzwyczajnych). W ich gestii będzie pozostawało także wydawanie zaświadczeń w zakresie dotyczącym podatku dochodowego od osób fizycznych i stwierdzanie nadpłat.
Uprawnienia te będą realizowane z zachowaniem zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego, jednak organem podatkowym wyższego stopnia będzie w tym przypadku ten sam organ, który wydał decyzję podatkową wykonując uprawnienia organu podatkowego pierwszej instancji. Nie będzie to jednak pozbawiać funkcjonariuszy, pracowników i żołnierzy służb specjalnych prawa do sądu, czyli możliwości zaskarżenia decyzji wydanej przez szefa danej służby jako organ drugiej instancji, do sądu administracyjnego.
Celem projektowanego rozporządzenia jest zapewnienie szczególnej ochrony danych identyfikujących funkcjonariuszy służb specjalnych, w szczególności wykonujących czynności operacyjno-rozpoznawcze.
Proponuje się, aby rozporządzenie miało zastosowanie do przychodów uzyskanych przed jego wejściem w życie tj. od 1 stycznia 2011 r. i w przypadku weryfikacji zeznań podatkowych złożonych za rok 2011.