Spór w przedmiotowej sprawie dotyczy możliwości zachowania statusu podatnika podatku CIT przez PGK, w której jedna ze spółek-członków grupy korzysta ze zwolnienia w tym podatku z uwagi na prowadzenie działalności w SSE.
Według spółki PGK, której będzie członkiem, będzie podatnikiem podatku CIT, ponieważ fakt korzystania ze zwolnienia od podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, nie wypełnia wyłączenia określonego w art. 1a ust. 2 pkt 3 ustawy o CIT. Zdaniem Spółki wyłącznie, o którym mowa w tym przepisie nie ma zastosowania w przypadku korzystania przez spółkę ze zwolnienia od podatków od dochodów uzyskiwanych w SSE na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT, gdyż jest to zwolnienie uregulowane w tej samej ustawie.
Organ doszedł do wniosku, że podmioty działające w SSE korzystają ze zwolnienia z opodatkowania dochodów na podstawie ustawy innej niż ustawa o CIT, bowiem podstawy tego zwolnienia są uregulowane w art. 12 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych (u.s.s.e.). Tym samym uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe.
Sprawa ostatecznie trafiła do NSA. Zdaniem sądu art. 12 u.s.s.e. wskazuje ogólnie na możliwość zwolnienia przedmiotowego. W zakresie przesłanek tego zwolnienia odsyła natomiast do przepisów ustaw podatkowych, nie dając możliwości odtworzenia na ich podstawie pełnej normy dotyczącej zwolnienia, a przeciwnie - wskazując, że zwolnienie to udzielane jest na zasadach określonych w przepisach ustaw podatkowych (te ostatnie określają więc warunki zwolnienia). Przepis art. 12 u.s.s.e. jest zatem przepisem odsyłającym do ustawy o CIT w zakresie zwolnienia dochodu podmiotów działających w specjalnej strefie ekonomicznej, nie określa natomiast podstawowych warunków tego zwolnienia, pozostawiając to ustawie podatkowej. Nie wynika bowiem z niego (z uwagi na odesłanie), czy każdy dochód osiągnięty w strefie jest zwolniony i do jakiej wysokości. Zwolnienie dochodu osiąganego z działalności gospodarczej prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej ma w związku z tym swoje źródło w ustawie o CIT i nie jest zwolnieniem udzielonym na podstawie przepisów odrębnych.
Wyrok NSA z 2 sierpnia 2012 r., II FSK 1614/11, LEX 1218176