Podkreślenia wymaga fakt, że przed wniesieniem skargi na bezczynność organu do sądu administracyjnego nie jest konieczne uprzednie wezwanie organ interpretacyjny do usunięcia naruszenia prawa. Skargi tej nie można wnieść na niedokonanie zmiany przez ministra finansów. Zmiana ta bowiem może być dokonana wyłącznie z urzędu i jedynym organem, który decyduje o potrzebie jej dokonania jest minister finansów.

Może się wydawać, że wnoszenie takiej skargi jest bezcelowe, a co za tym idzie przepis jest zbędny, bo w racjonalnym działaniu nie znajduje i znajdować nigdy nie będzie zastosowania. Celowość wprowadzonego rozwiązania w postaci skargi na bezczynność kwestionują także J. Kabat - Rembelska oraz A. Kabat w artykule ich autorstwa Interpretacja przepisów prawa podatkowego – korzyści po zmianach?, Cz. II, „Prawo i Podatki” nr 3/2007.
Po upływie trzymiesięcznego terminu przewidzianego na wydanie indywidualnej interpretacji przyjmuje się fikcję prawną, że organ „wydał” interpretację zgodną w całości ze stanowiskiem zainteresowanego (w rzeczywistości do obrotu prawnego „wchodzi” właśnie to stanowisko) wnoszenie zatem skargi, której celem jest zmuszenie organu do wydania interpretacji indywidualnej, jest nieracjonalne gdyż wnioskodawca zamiast skorzystać na tym działaniu będzie mógł pogorszyć swoją sytuację w przypadku, kiedy organ nie zgodzi się z nim w części lub całości wydając niekorzystną dla niego interpretację. Taka sytuacja dodatkowo generuje dla podatnika koszty związane z wpisem od skargi oraz znacznym wydłużeniem okresu niepewności spowodowanego oczekiwaniem na rozpoznanie skargi przez sąd administracyjny. Co więcej nawet gdyby sąd administracyjny uwzględniając skargę na bezczynność chciał zobligować organ podatkowy do wydania interpretacji to zrobić tego nie może, bowiem po upływie trzymiesięcznego okresu, w czasie którego organ jest obowiązany wydać indywidualną interpretację wniosek staje się „milczącą” interpretacją, a organ traci kompetencje do wydania w tej sprawie indywidualnej interpretacji. Co innego, gdyby O. p. nie zawierała specjalnego skutku jaki powoduje niewydanie interpretacji w przewidzianym terminie.

Przykładem prezentowanym w literaturze, który uzasadnia wniesienie skargi na bezczynność jest sytuacja, w której toczy się spór między organem interpretacyjnym a zainteresowanym, czy doszło do przedłużenia terminu do wydania interpretacji (na skutek niewliczania do terminu trzymiesięcznego czasu związanego ze zdarzeniami określonymi w art. 139 §4 O. p.) Jednak jak wskazuje J. Brolik, wniesienie skargi do sądu administracyjnego nie powoduje niemożności prowadzenia postępowania interpretacyjnego to tym bardziej nie powoduje zatrzymania czasu i ciężko wyobrazić sobie sytuację, w której aż do czasu trafienia sprawy na wokandę organ w dalszym ciągu nie wyda interpretacji powodując, że postępowanie w dalszym ciągu będzie miało przedmiot rozstrzygnięcia (J. Brolik, Urzędowe interpretacje prawa podatkowego, Warszawa 2010, str. 144-145).

Jednakże nie można wykluczyć i takiej sytuacji, w której, jak pisze H. Filipczyk, organ podatkowy nie wydaje nowej interpretacji pomimo tego, że taki obowiązek na nim ciążył (na skutek uchylenia przez sąd administracyjny interpretacji „starej”), zakładając, że w takim przypadku organ ma na wydanie indywidualnej interpretacji terminy przewidziane w art. 139 §1 O. p. a nie termin trzymiesięczny.